A legfontosabb különbség a dNTP és a ddNTP között az, hogy a dNTP vagy dezoxiribonukleotidok a DNS építőkövei, és a pentózcukor szerkezetében 3'-OH csoport van, míg a ddNTP vagy didezoxinukleozid-trifoszfátok olyan nukleotidok, amelyekből hiányzik a 3'-OH csoport. a Sanger didezoxi DNS-szekvenálási technikában használják különböző hosszúságú DNS-szekvenciák előállítására.
A dNTP és ddNTP nukleotidok. A dNTP dezoxiribóz nukleotidokra utal. Ők a DNS építőkövei. A dNTP-ket DNS szintetizálására használják. A dNTP ezzel szemben didezoxinukleozid-trifoszfátokra utal. A Sanger-szekvenálásnál használják a DNS-szintézis különböző hosszúságú leállítására. Hiányzik belőlük az OH-csoport a 3'-helyzetben. A 3'-helyzetben hidrogén van jelen az OH csoport helyett. Ezért a ddNTP-k nem képesek foszfodiészter kötést kialakítani a következő nukleotiddal. A dNTP képes a DNS szintézisére, míg a ddNTP a DNS polimerizációjának leállítására.
Mi az a dNTP?
A dNTP jelentése dezoxiribóz nukleotid vagy dezoxiribonukleotid. Ez a DNS építőköve. A dNTP-knek négy típusa van. Ezek a dATP, dTTP, dCTP és dGTP. Elnevezésük a purin vagy pirimidin nitrogéntartalmú bázisa szerint történik: adenin (A), guanin (G), timin (T) és citozin (C).
01. ábra: dNTP
Az adenin és a guanin purinbázis, míg a timin és a citozin pirimidinbázis. A dNTP pentózcukra dezoxiribóz. Van egy foszfátcsoport is. Ezért a dNTP három komponensből áll: nitrogéntartalmú bázisból, dezoxiribóz cukorból és foszfátcsoportból. Ezek a dNTP-k foszfodiészter kötéseken keresztül egyesülnek egymással. A dNTP-kben egy OH-csoport kapcsolódik a pentózcukor 3' pozíciójához, amely szükséges ahhoz, hogy kapcsolatot létesítsen a következő nukleotid cukor 5' szénatomjához kapcsolódó foszfátcsoporttal. Mivel minden dNTP rendelkezik ezzel a 3'-OH csoporttal, képesek DNS-szálak szintetizálására és kiterjesztésére. Ezért a dNTP a DNS és a gének kémiai anyagának alapvető ismétlődő egységeként működik. A DNS szintézise mindig 5ʹ-től 3ʹ-ig tart.
Mi az a DdNTP?
A Sanger szekvenálás egy első generációs DNS szekvenálási módszer, amelyet Frederick Sanger és kollégiumai fejlesztettek ki 1977-ben. Láncvégződési szekvenciaként vagy dideoxiszekvenciaként is ismert, mivel ennek a módszernek az alapelve a didezoxinukleozid-trifoszfátokkal történő láncvégződés. (ddNTP-k). A ddNTP-k a Sanger-szekvenálásban használt nukleotidok. A Sanger-szekvenálás a ddNTP-k szelektív beépülésén és a DNS-szintézis leállításán alapul az in vitro DNS-replikáció során. A ddNTP-k különlegessége, hogy hiányzik bennük a 3ʹ-OH csoport a pentózcukorból, hogy folytassák a foszfodiészter kötés kialakulását a szomszédos nukleotid 5ʹ foszfátcsoportja között. Ennélfogva, ha egyszer egy ddNTP csatlakozik a megnyúló szálhoz, a lánc megnyúlása megszűnik, és ettől a ponttól véget ér. A ddNTP-k a DNS polimeráz lánchosszabbító inhibitoraiként működnek a Sanger szekvenálási módszer során.
02. ábra: ddNTP
Négy ddNTP-t használnak: ddATP, ddCTP, ddGTP és ddTTP a Sanger-szekvenálásban. Ezek a nukleotidok leállítják a DNS-replikációs folyamatot, amikor beépülnek a növekvő DNS-szálba. Ennek eredményeként a Sanger-szekvenálás változó hosszúságú rövid DNS-t hoz létre. Kapilláris gélelektroforézist használnak arra, hogy ezeket a rövid DNS-szálakat méretük szerint rendezzék egy gélen. A ddNTP-ket radioaktívan vagy fluoreszcensen különböző színekkel jelölik a DNS-szekvencia elemzésének megkönnyítése érdekében. A gél elemzésével meghatározható az ismeretlen DNS-szál nukleotidszekvenciája.
Mi a hasonlóság a dNTP és a DdNTP között?
- Mind a dNTP, mind a ddNTP használatos a Sanger-szekvenálásban.
- Négyféle dNTP és ddNTP létezik.
- Három összetevőből állnak: nitrogénbázisból, dezoxiribóz cukorból és foszfátcsoportokból.
Mi a különbség a dNTP és a DdNTP között?
A dNTP egyike a négy dezoxiribonukleotid típusnak, amelyek a DNS építőkövei. A ddNTP a Sanger szekvenálási technikában használt didezoxiribonukleozid-trifoszfátok négy típusának egyike. A dNTP-nek a pentózcukoron van egy 3'-OH csoportja, míg a ddNTP-nek nincs 3'-OH csoportja a pentózcukorban. Így ez a legfontosabb különbség a dNTP és a ddNTP között. Ezenkívül a dNTP-k DNS-polimerizációt hajtanak végre, míg a ddNTP-k befejezik a DNS-polimerizációt. Ezért ez egy másik jelentős különbség a dNTP és a ddNTP között.
Az alábbi infografika táblázatos formában felsorolja a dNTP és a ddNTP közötti különbségeket.
Összefoglaló – dNTP vs DdNTP
A normál dNTP-k a DNS építőkövei, míg a ddNTP-k a Sanger-szekvenálási technikában használt nukleotidok. A dNTP-ben 3'-OH, míg a ddNTP-ben nincs 3'-OH. Így ez a legfontosabb különbség a dNTP és a ddNTP között. Ezenkívül a dNTP képes szintetizálni egy DNS-szálat, míg a ddNTP leállíthatja a DNS-polimerizációt. Ezért a ddNTP-ket a Sanger-szekvenálásban használják, hogy különböző hosszúságú DNS-szálakat állítsanak elő. A Sanger szekvenálás során a dNTP és a ddNTP is szerepel.
