A legfontosabb különbség a CDS és az ORF között az, hogy a CDS egy gén tényleges nukleotidszekvenciája, amely fehérjévé alakul át, míg az ORF a DNS-szekvencia egy szakasza, amely a transzlációs iniciációs hellyel (kezdőkodon) kezdődik és egy fordítás befejező helye (stop kodon).
Egy génnek kódoló szekvenciája (CDS) van. A gén teljes exonjaiból és egy startkodonból és egy stopkodonból áll. Ez a gén tényleges része, amely lefordítja és termeli a fehérjét. A nyitott leolvasási keret vagy az ORF egy nukleotidszekvencia, amely egy startkodon és egy stopkodon között helyezkedik el. Az ORF-en belül nincs stopkodon, amely megszakítja a genetikai kódot, amely fehérjévé alakul. A prokariótákban egy gén CDS-je és ORF-je megegyezik.
Mi az a CDS?
A CDS vagy kódoló szekvencia a gén azon része, amely valójában fehérjévé alakul. Exonokból és két kodonból áll, amelyek AUG kodonként és stopkodonként ismertek. A CDS nem tartalmaz két lefordítatlan régiót: 5’ UTR és 3” UTR. Ezenkívül az intronok nem szerepelnek a CDS-ben.
01. ábra: Kódolási sorrend
Az egyén teljes genomjával összehasonlítva a kódoló szekvenciák kis hányadát teszik ki. A kódoló szekvencia a fehérje aminosavszekvenciájának létrehozásához szükséges nukleotidszekvenciából áll. Ezért a CDS koncentrált exonok, amelyek nukleotidhármasokra vagy kodonokra oszthatók. A kodonok aminosavakat eredményeznek.
Mi az az ORF?
A nyitott leolvasási keret vagy az ORF egy nukleotidszekvencia folyamatos szakasza, amely egy startkodonnal kezdődik és egy stopkodonnal végződik. Egyszerű szavakkal, az ORF a nukleotidszekvencia azon régiójára utal, amely a start- és stopkodonok között helyezkedik el. Közben nincs stopkodon, amely megszakítja az ORF-et. A start- és stopkodon közötti nukleotidszekvencia aminosavakat kódol. Általában a startkodon az ATG, míg a stopkodonok a TAG, a TAA és a TGA. Az ORF funkcionális fehérjét ad, ha átíródik és transzlálódik. Ezért az ORF tartalmaz egy startkodont, több kodont a középső régióban és egy stopkodont. Érdekes módon az ORF hossza osztható hárommal.
02. ábra: Olvasási keret megnyitása
A prokariótákban, mivel nincsenek intronok, az ORF egy olyan gén kódoló szekvenciája, amely közvetlenül mRNS-sé íródik át. Ezért a CDS és a PRF ugyanaz a prokariótákban. Amikor prokariótákban keresünk géneket, könnyen kimutatható az ORF, és a prokariótákban találhatunk gént. Az eukariótákban, mivel vannak intronok, az ORF az a kodonszekvencia, amely feldolgozás vagy RNS splicing után képződik. Az ORF egy olyan bizonyíték, amely segít a gén előrejelzésében, amíg az ORF valószínűleg egy gén része.
Mi a hasonlóság a CDS és az ORF között?
- Prokariótákban a CDS és az ORF ugyanaz.
- Mindkettő rendelkezik startkodonnal és stopkodonnal.
- Számos nukleotidjuk van, amelyek hárommal oszthatók.
- Miután lefordítják, aminosavszekvenciákat állítanak elő.
Mi a különbség a CDS és az ORF között?
A CDS a gén tényleges része, amely fehérjévé alakul, míg az ORF a DNS egy startkodon és egy stopkodon közötti szakasza. Tehát ez a legfontosabb különbség a CDS és az ORF között. Továbbá a CDS nem tartalmaz intronokat, de az ORF tartalmazhat intronokat. A CDS teljesen átíródik egy teljes mRNS-szekvenciává, míg az ORF az mRNS-szekvencia része lehet. Így ez egy másik különbség a CDS és az ORF között.
Az alábbi infografika a CDS és az ORF közötti különbségeket mutatja.
Összefoglaló – CDS vs ORF
A CDS és az ORF egy gén két fontos része. A CDS a DNS azon tényleges régiójára utal, amely fehérjévé alakul. Az ORF egy DNS-szekvencia, amely az „ATG” startkodonnal kezdődik, és a három terminációs kodon (TAA, TAG vagy TGA) bármelyikével végződik. Az ORF egy gén teljes mRNS-ének része lehet. Egy gén kódoló szekvenciája azonban teljes mRNS-szekvenciává íródik át. Minden CDS ORF. De nem minden ORF CDS. Így ez összefoglalja a CDS és az ORF közötti különbséget.
