A legfontosabb különbség az MLVA és az MLST között az, hogy az MLVA tandemly ismétlődő DNS-szekvenciák polimorfizmusát használja a mikrobiális fajok jellemzésére, míg az MLST több háztartási gén belső fragmentumainak DNS-szekvenciáinak polimorfizmusát használja a mikrobafajok jellemzésére.
A mikrobiális tipizálást általában a fertőzések forrásának és útvonalának meghatározására használják. Megerősíti vagy kizárja a járványkitöréseket. A mikrobiális tipizálás az egészségügyi ellátással összefüggő kórokozók keresztirányú átvitelét is nyomon követi, és felismeri a virulens törzseket. Ezenkívül a mikrobiális tipizálás értékeli a patogén mikrobiális fajok elleni védekezési intézkedések hatékonyságát. Az MLVA és az MLST a mikrobiális tipizálásban használt két molekuláris biológiai technika.
Mi az MLVA?
Több lókusz A VNTR-elemzés (MLVA) egy molekuláris biológiai módszer, amely párhuzamosan ismétlődő DNS-szekvenciák polimorfizmusát használja a mikrobiális fajok jellemzésére. Ez egy bizonyos mikrobafajok genetikai elemzésére használt módszer.
Az MLVA első lépése során minden egyes megcélzott VNTR lókuszt PCR-rel amplifikálnak a szomszédos régióspecifikus primerekkel. Ezután a kapott fragmentumokat kapilláris szekvenszeren elektroforézissel méretre szétválasztjuk. Az egyes lókuszok genotipizálása és az egyes mintákból összeállított eredmények lehetővé teszik egy ismert fajú mikroorganizmus jellemzését. Lehetővé teszi az alfajok azonosítását alléltipizálással és az MLVA adatbázisokkal való összehasonlítással.
01. ábra: MLVA
Ez az MLVA-módszer szelektívebb, mint az MLST-módszer. Ezenkívül az MLVA-módszer nem igényel DNS-szekvenálási lépést. Így lehetővé válik a közeli alfajok vagy a klón fajok megkülönböztetése.
Mi az MLST?
A Multilocus szekvencia tipizálás (MLST) egy olyan technika, amely több háztartási gén belső fragmentumainak DNS-szekvenciáinak polimorfizmusát használja fel a mikrobafajok jellemzésére. Az MLST egy genetikai elemzési technika több lókusz tipizálására.
02. ábra: MLST
Ez egyfajta szekvenálási tipizálás, amelyet referenciatechnikaként használnak a mikrobafajok különböző törzseinek megkülönböztetésére. Ez a módszer a háztartási gének szekvenálásán alapul. A háztartási gének általában mikrobiális ágensek, például baktériumok esszenciális fehérjéit kódolják. A háztartási gének ezen szekvenciáinak sajátossága, hogy idővel stabil polimorfizmust mutatnak. Ezért a háztartási gének szekvenciáinak különbségei elegendőek ahhoz, hogy a törzseket megkülönböztessük egymástól. Ezenkívül az első kidolgozott MLST-séma a Neisseria meningitidis volt, amely a meningococcus agyhártyagyulladás és vérmérgezés kórokozója. Bevezetése óta az MLST-t nemcsak emberi, hanem növényi kórokozók ellen is alkalmazzák.
Mi a hasonlóság az MLVA és az MLST között?
- Az MLVA és az MLST a mikrobiális tipizálásban használt két molekuláris biológiai technika.
- Mindkét technika használható mikrobiális filogenetikai elemzéshez.
- Mindkét technika genetikai polimorfizmuson alapul.
- Használhatók mikrobiális kórokozókat okozó emberi betegségek kimutatására.
- Mindkét technikát képzett molekuláris biológusoknak kell elvégezniük.
Mi a különbség az MLVA és az MLST között?
Az MLVA egy olyan technika, amely párhuzamosan ismétlődő DNS-szekvenciák polimorfizmusát használja a mikrobiális fajok jellemzésére. Eközben az MLST egy olyan technika, amely több háztartási gén belső fragmentumainak DNS-szekvenciáinak polimorfizmusát használja a mikrobiális fajok jellemzésére. Így ez a legfontosabb különbség az MLVA és az MLST között. Ezenkívül az MLVA módszer szelektívebb, mint az MLST módszer.
Az alábbi infografika táblázatos formában mutatja be az MLVA és az MLST közötti különbségeket egymás melletti összehasonlítás céljából.
Összefoglaló – MLVA vs MLST
Az MLVA és az MLST a mikrobiális tipizálásban használt két molekuláris biológiai technika. Az MLVA a tandemszerűen ismétlődő DNS-szekvenciák polimorfizmusát használja a mikrobiális fajok jellemzésére, míg az MLST több háztartási gén belső fragmentumainak DNS-szekvenciáinak polimorfizmusát használja a mikrobiális fajok jellemzésére. Tehát ez a legfontosabb különbség az MLVA és az MLST között.
