A legfontosabb különbség az ITS1 és az ITS2 között, hogy az ITS1 egy spacer DNS, amely eukariótákban a 18S és 5,8S rRNS gének között helyezkedik el, míg az ITS2 egy távtartó DNS, amely az eukariótákban az 5,8S és 28S rRNS gének között helyezkedik el.
A belső átírt távtartó (ITS) az a spacer DNS, amely általában a kis alegység riboszomális RNS és a nagy alegység riboszomális RNS gének között helyezkedik el a kromoszómában vagy a policisztronos rRNS prekurzor transzkriptum molekulájában a megfelelő átírt régióban. Baktériumokban és archaeákban csak egyetlen ITS található a 16S és 23S rRNS gének között. De az eukariótákban két ITS spacer DNS található: ITS1 (18S és 5 között.8S rRNS gének) és ITS2 (5,8S és 28S rRNS között). Ezért az ITS1 és az ITS2 két spacer DNS, amely eukariótákban az rRNS gének között található.
Mi az ITS1?
Az ITS1 egy spacer DNS, amely eukariótákban a 18S és 5,8S rRNS gének között helyezkedik el. Az ITS az rRNS gének között elhelyezkedő, nem funkcionális spacer DNS darabjára utal. Az ITS1 hosszváltozása nagyobb, mint az ITS2. Az ITS1 hosszváltozása hozzávetőlegesen (200-300 bp). Az ITS markerek, mint például az ITS1, bebizonyították hatékonyságukat a különböző taxonok közötti filogenetikai kapcsolatok felderítésében. Ezenkívül az ITS1 spacer DNS kevésbé konzervált, mint az ITS2 spacer DNS. Az ITS1 struktúrák csak sokkal kisebb taxonómiai egységekben vannak megőrizve. Minden eukarióta riboszóma klaszter tartalmaz külső átírt távtartóknak nevezett régiókat (5’ és 3’ ETS).
01. ábra: ITS1 régió
Az ITS1 spacer DNS nagyon közel van az 5'-es külső átírt távtartóhoz (5' ETS). Továbbá, ha valaki az ITS1 régiót amplifikálni akarja filogenetikai rokonsági vizsgálatokhoz, akkor erre a célra egy meghatározott primerpárt (fordított és forward primereket) kell használnia. Az ITS1 régió amplifikálására általában két primer készletet használnak a laboratóriumok PCR protokolljaiban. Ezek ITS1 előre és ITS2 hátrafelé vagy ITS1 előre és ITS4 hátrafelé.
Mi az ITS2?
Az ITS2 egy spacer DNS, amely eukariótákban az 5.8S és 28S rRNS gének között helyezkedik el. Az ITS2 régió hossza rövidebb, mint az ITS1 régióé. Az ITS2 hosszváltozása hozzávetőlegesen (180-240 bp). Az ITS2 régió azonban sok taxonómiai egységben konzerváltabb, mint az ITS1 régió. Azonosítja, hogy minden ITS2 szekvenciának van egy közös magja a másodlagos struktúrában. Ezen túlmenően az ITS2 régió 40%-a konzervált az összes zárvatermő között, míg az ITS2 régió 50%-a családonként és magasabb szinten is besorolható.
02. ábra: ITS2 régió
A megőrzési körtől függetlenül az ITS2 régió, például az ITS1 régió használata is nagyon népszerű a filogenetikai rokonsági vizsgálatokban, különösen a gomba DNS vonalkódolásában. Az ITS2 régió amplifikálására általában egy specifikus primer készletet használnak a laboratóriumok PCR protokolljaiban. Ez az ITS1 előre és az ITS4 fordított. De amikor a PCR protokoll ezt a primerkészletet használja, az ITS1 régiót is felerősíti az ITS2 régióval együtt. Továbbá az ITS2 spacer DNS nagyon közel van a 3' külső átírt távtartóhoz (3' ETS).
Hasonlóságok ITS1 és ITS2 között
- Az ITS1 és ITS2 két spacer DNS, amelyek az rRNS gének között helyezkednek el.
- Csak az eukariótákban vannak jelen.
- Mindkettő erősíthető meghatározott primerpárok használatával.
- Mindkettőt kivágják az rRNS érés során, mint nem funkcionális mellékterméket.
- Mindkettő nagyon fontos a filogenetikai rokonsági vizsgálatokhoz, különösen a gombás DNS vonalkódolásánál.
Különbség ITS1 és ITS2 között
Az ITS1 egy távtartó DNS, amely eukariótákban a 18S és 5,8S rRNS gének között található, míg az ITS2 egy távtartó DNS, amely az 5,8S és 28S rRNS gének között helyezkedik el eukariótákban. Tehát ez a legfontosabb különbség az ITS1 és az ITS2 között. Ezen túlmenően az ITS1 nagyobb hosszvariációval rendelkezik, mint az ITS2. Másrészt az ITS2 hosszváltozása rövidebb, mint az ITS1. Ez egy másik különbség az ITS1 és az ITS2 között.
Az alábbi infografika táblázatos formában sorolja fel az ITS1 és az ITS2 közötti különbségeket egymás melletti összehasonlítás céljából.
Összefoglaló – ITS1 vs ITS2
A belső átírt régió (ITS) az rRNS-gének között elhelyezkedő spacer DNS egy nem működő darabja. A baktériumokban és az archaeákban csak egyetlen ITS-régió található. De az eukariótákban két ITS régió van: ITS1 és ITS2. Az ITS1 egy spacer DNS, amely eukariótákban a 18S és 5,8S rRNS gének között helyezkedik el, míg az ITS2 egy távtartó DNS, amely eukariótákban az 5,8S és 28S rRNS gének között helyezkedik el. Így ez az ITS1 és ITS2 közötti különbség összefoglalása.
