A legfontosabb különbség a genomiális DNS és a plazmid DNS izolálása között az, hogy a genomi DNS izolálás a genomiális DNS kinyerését célozza meg, míg a plazmid DNS izolálás a baktériumok plazmid DNS-ének kivonását célozza.
A DNS izolálása egy kémiai eljárás, amellyel különböző fajokból vagy különböző mintákból izolálják a DNS-t. A DNS izolálása fontos a downstream molekuláris biológiai technikákban, mint például a gélelektroforézis, a polimeráz láncreakció és a DNS szekvenálási technikák. Ezért a DNS izolálása elengedhetetlen kémiai folyamat a molekuláris biológiai vizsgálatokban. A kutatás céljai alapján esetenként szükséges a genomiális DNS izolálása. Ezenkívül egyes tanulmányok a plazmid DNS baktériumokból történő izolálására összpontosítanak. A genomi DNS izolálása a genomi DNS izolálása prokarióta vagy eukarióta mintából. Az izolálás lépései a DNS-t izoláló sejt típusától függően különböznek. A plazmid DNS izolálása a plazmid DNS izolálásának folyamata egy bakteriális sejtből. A genomiális DNS-izolációhoz képest a plazmid DNS-izolálás teljes folyamata összetett.
Mi az a genomi DNS izolálás?
A genomiális DNS izolálása egy szervezet teljes genomiális DNS-ének kinyerésének folyamata. Ez a folyamat három fő eseményt foglal magában. Ezek sejtlízis vagy nukleáris lízis, fehérje degradáció vagy proteolízis és a genomiális DNS kicsapása. A lízis lépése a sejttípustól függően eltérő lehet. A prokariótákban, mivel van peptidoglikán sejtfal, az első lépés a sejtfal lebontása. Másrészt az eukariótákban a lízis lépés a plazmamembrán és a nukleáris membrán lebontását foglalja magában, hogy a DNS-t kifelé vigyék. Ezzel szemben speciális lépések szükségesek a növényi és gombás sejtfalak líziséhez.
01. ábra: Genomi DNS izolálás
Következésképpen, amint a lízis lépés befejeződik, végül a DNS kerül a felülúszóba. Ezzel egyidejűleg az oldatban fehérje lebomlás is megy végbe a proteináz K hozzáadása miatt. A következő lépés a genomiális DNS és a lebontott fehérjék elkülönítése egymástól. Ennélfogva a lebontott fehérjék kiválnak kicsapással, lehetővé téve, hogy a genomiális DNS a felülúszóban maradjon. A fehérjék kicsapása után a genomi DNS kicsapható és újraszuszpendálható egy megfelelő pufferben, amíg a kísérlethez szükséges lesz.
A genomikus DNS, amely lineáris DNS, egy szervezet összes genetikai információját tartalmazza. Más szóval, a genom egy élő szervezet örökítőanyaga, amely felelős a sejt összes szerkezeti és funkcionális tevékenységéért. Ez egyaránt tartalmaz kódoló és nem kódoló DNS-szekvenciákat. A genomiális DNS izolálásakor a szervezet teljes genomját magában foglalja.
Mi az a plazmid DNS izolálás?
A plazmid DNS izolálás a DNS izolálás egy speciális és bonyolultabb folyamata. A plazmidok a legtöbb baktériumsejtben jelenlévő extrakromoszómális DNS. Ezek alvó, körkörös DNS-ek, amelyek elősegítik a baktériumok túlélését zord környezeti körülmények között. A plazmid DNS speciális rezisztens génekből áll, amelyek további előnyöket biztosítanak a baktériumoknak, például antibiotikum-rezisztenciát, virulencia- és toxikus tulajdonságokat.
02. ábra: Plazmid DNS izolálás
A plazmid DNS izolálása három fő folyamatot is magában foglal; sejtlízis, proteinolízis és DNS-kicsapódás. Bár az izolálás biokémiai mechanizmusa hasonló a genomi DNS izoláláséhoz, a folyamat bonyolultabb ennél. A sejtlízis folyamata a legfontosabb folyamat ebben az eljárásban. A legfontosabb, hogy a genomiális DNS-t és a plazmid DNS-t nem szabad egymással keverni. Ezért egy sokkal enyhébb lízis folyamat épül be a plazmid DNS izolálási eljárásba. Ezért a legtöbb plazmid DNS izolálási eljárásban detergenst használnak; nátrium-dodecil-szulfát a sejtlízishez.
Mi a hasonlóság a genomi DNS és a plazmid DNS izolálása között?
- A genomiális DNS és a plazmid DNS izolálása egy szervezet DNS-ének kivonására összpontosít.
- Emellett mindkettő ugyanazt az általános folyamatot követi, amely magában foglalja a sejtlízist, a fehérje lebontást és a DNS-kicsapódást.
- Továbbá mindkét folyamat eredményeként kapott DNS-e fontos a downstream folyamatok számára.
- Sőt, mindkét izolálási folyamat magában foglalja a DNS tisztításának és tárolásának lépéseit meghatározott tárolási körülmények között.
- Emellett a proteináz K-t mindkét módszerben használják a fehérjék lebontására.
Mi a különbség a genomi DNS és a plazmid DNS izolálása között?
A genomiális DNS-izolálás a célszervezet teljes genomiális DNS-ének kinyerésére összpontosít, míg a plazmid-DNS-izolálás csak a plazmid-DNS izolálására összpontosít az adott baktériumfajból. Ezért ez a legfontosabb különbség a genomi DNS és a plazmid DNS izolálása között. Ezenkívül az eljárásban van egy másik különbség a genomi DNS és a plazmid DNS izolálása között. A genomiális DNS izolálása kevésbé bonyolult eljárás, mint a plazmid DNS izolálás. Ezért a plazmid DNS izolálásakor óvintézkedéseket kell tenni a genomiális és plazmid DNS egymással való keveredésének megakadályozására.
Az alábbi infograohic további részleteket tartalmaz a genomiális DNS és a plazmid DNS izolálása közötti különbségről.
Összefoglaló – Genomi DNS vs plazmid DNS izolálás
A DNS izolálása fontos folyamat a molekuláris biológiai technikákban. A DNS-nek két típusa van, nevezetesen a genomi DNS és a plazmid DNS (kromoszómán kívüli DNS). A követelmény alapján egyes eljárások a genomiális DNS izolálására irányulnak, míg egyes eljárások csak a plazmid DNS izolálására irányulnak a baktériumokból. Ezért a két folyamat lépései kissé eltérnek egymástól. A teljes folyamat azonban mindkét izolációban ugyanaz. Mindkét eljárás izolált DNS-ét óriási mértékben használják az olyan downstream folyamatokban, mint a klónozás, a gélelektroforézis és a polimeráz láncreakciók. A genomiális DNS izolálási protokoll végén a szervezet teljes genomiális DNS-e izolálható végtermékként, míg a plazmid DNS izolálási protokoll végén az adott baktérium plazmid DNS-e izolálható végtermékként. Ezért ez a különbség a genomiális DNS és a plazmid DNS izolálása között.
