A fő különbség a CGH és a tömb CGH között az, hogy a CGH egy hagyományos molekuláris citogenetikai módszer egy kisebb felbontású tesztminta DNS-ének kópiaszám változásának elemzésére, míg az array CGH egy teljesen automatizált molekuláris citogenetikai módszer nagyobb felbontású tesztminta DNS-ének kópiaszám változásának elemzése.
A CGH és a tömb CGH két technika az egyének másolatszám-változásainak kimutatására. A másolatszám-variáció a genom azon szakaszaira utal, amelyek ismétlődnek. A példányszám egyénenként változik. A másolatszám-variációkat általában két csoportba sorolják: rövid ismétlődések és hosszú ismétlések. A rövid kópiaszám-variáció egyik legismertebb példája a CAG trinukleotid ismétlődése a huntingtin génben. Ez a huntingtin nevű neurológiai rendellenességet okozza. A hosszú ismétlődő kópiaszám-változtatás legjobb példája az alfa-amiláz gén, amely inzulinrezisztenciát okoz. A másolatszám változása olyan technikákkal észlelhető, mint a FISH, a CGH és a tömb CGH.
Mi az a CGH?
A CGH egy hagyományos molekuláris citogenetikai módszer egy tesztminta DNS-ében a kópiaszám változásának elemzésére a referenciamintához képest. Az automatizált technikákhoz képest kisebb felbontású. Ennek a technikának az a célja, hogy gyorsan és hatékonyan összehasonlítson két különböző forrásból származó genomiális DNS-mintát.
01. ábra: CGH
Az eljárás során a DNS-t két forrásból izolálják: tesztből és referenciaforrásból. Ezután a következő lépés a teszt- és referencia-DNS-minták független jelölése különböző színű fluoroforokkal. Később a két DNS-mintát denaturálták, hogy megkapják az egyszálú DNS-mintákat. Végül a két eredményül kapott DNS-mintát 1:1 arányban hibridizáltuk a kromoszómák normál metafázisú terjedésével. A kromoszómális különbségek a két forrás között fluoreszcens mikroszkóp és számítógépes szoftver segítségével azonosíthatók. Ezenkívül a CGH technika csak a kiegyensúlyozatlan kromoszóma-rendellenességeket képes kimutatni.
Mi az az Array CGH?
Az Array CGH egy teljesen automatizált molekuláris citogenetikai módszer a tesztminta DNS-ében a kópiaszám változásának elemzésére a referenciamintához képest. Nagyobb felbontású, és a hagyományos CGH korlátainak minimalizálására fejlesztették ki. Az Array CGH ötvözi a CGH alapelveit microarray használatával. Ahelyett, hogy metafázisú kromoszómákat használnánk, ez a módszer kis DNS-szegmensekkel elrendezett tárgylemezeket használ célpontként. Ezeket a mikromátrixokat kis mennyiségű DNS (próbák) szilárd üveghordozóra történő lerakásával és rögzítésével állítottuk elő. A próbák mérete az oligonukleotidtól a bakteriális mesterséges kromoszómáig változhat.
02. ábra: CGH tömb
A próbáktól függetlenül a CGH tömb alapvető módszere hasonló a CGH-hoz. A microarray-t tartalmazó próbák elkészítése után a két különböző színű fluoroforokkal jelölt DNS-mintát (teszt és referencia) összekeverik és hozzáadják a microarray-hez. Mivel a mintákban lévő DNS a denaturáció miatt egyszálú, ez a DNS hibridizálódik sorba rendezett egyszálú próbákkal. Digitális képalkotó rendszer segítségével azonosítani lehet a két forrás közötti kromoszómális különbségeket.
Mi a hasonlóság a CGH és az Array CGH között?
- A CGH és a tömb CGH két technika a másolatszám-változatok kimutatására.
- Ezek molekuláris citogenetikai módszerek.
- Mindkét módszer kiegyensúlyozatlan kromoszóma-rendellenességeket diagnosztizál.
- A fluoroforok mindkét módszerben részt vesznek.
- Mindkét módszer használható genetikai rendellenességek kimutatására a kópiaszám eltérései miatt.
- Széles körben használják az összehasonlító genomikai elemzésben.
Mi a különbség a CGH és az Array CGH között?
A CGH egy hagyományos molekuláris citogenetikai módszer egy kisebb felbontású tesztminta DNS-ének kópiaszám-változásának elemzésére, míg a tömb CGH egy teljesen automatizált molekuláris citogenetikai módszer a tesztminta DNS-ében előforduló kópiaszám-változások elemzésére. amelynek nagyobb a felbontása. Tehát ez a legfontosabb különbség a CGH és a tömb CGH között. Ezenkívül a CGH-ban a teszt- és referencia-DNS-minták a kromoszómák normál metafázisú elterjedésével hibridizálnak, de az array CGH-ban a teszt- és referencia-DNS-minták hibridizálnak a microarray-t tartalmazó immobilizált DNS-próbákkal.
Az alábbi infografika táblázatos formában felsorolja a CGH és a tömb CGH közötti különbségeket az egymás melletti összehasonlítás érdekében.
Összefoglaló – CGH vs Array CGH
A CGH és az array CGH két molekuláris citogenetikai technika a kiegyensúlyozatlan kromoszóma-rendellenességek kimutatására. Széles körben használják az összehasonlító genomikai elemzésben. A CGH egy hagyományos molekuláris citogenetikai módszer egy kisebb felbontású tesztminta DNS-ében előforduló kópiaszám-változások elemzésére. Ezzel szemben az array CGH egy teljesen automatizált molekuláris citogenetikai módszer egy nagyobb felbontású tesztminta DNS-ében előforduló kópiaszám-változások elemzésére. Így ez összefoglalja a különbséget a CGH és a tömb CGH között.
