A legfontosabb különbség a FISH és a CGH között az, hogy a FISH egy molekuláris technika, amely fluoreszcensen jelölt próbák segítségével detektálja a kromoszómán lévő specifikus DNS-szekvenciát, míg a CGH egy másik molekuláris citogenetikai technika, amely a genomi DNS változásait észleli.
A citogenetikai elemzés fontos szerepet játszik az orvostudományban a kromoszóma-rendellenességek, például aneuploidiák, deléciók, duplikációk és átrendeződések stb. kimutatásában. A kromoszóma-rendellenességek végül olyan genetikai betegségekhez vezetnek, mint a rák, meddőség, Down-szindróma, Klinefelter-szindróma, Turner szindróma, leukémia stb. Különféle molekuláris citogenetikai módszerek léteznek a fent említett hibák és betegségek kimutatására. Közülük a FISH (fluoreszcens in situ hibridizáció) és a CGH (összehasonlító genomiális hibridizáció) két erőteljes hibridizációs technika. Azonban mindkét módszernek vannak előnyei és hátrányai.
Mi az a FISH?
A FISH egy nukleinsav-hibridizációs technika, amelyet a szövet egy részén vagy szakaszán, a teljes szövetben vagy sejtekben hajtanak végre. Ez egy szonda alapú módszer. A technika a Watson Crick komplementer bázispárosítás elméletén múlik, ami vagy DNS-DNS hibrideket vagy DNS-RNS hibrideket eredményez, amelyek így képesek kimutatni a mutált géneket, vagy azonosítani tudják a kérdéses gént. Ezenkívül ez a technika egyszálú DNS-szekvenciákat, kétszálú DNS-szekvenciákat, egyszálú RNS-szekvenciákat vagy nick-transzlációval előállított szintetikus oligonukleotidokat használ próbaként, amelyek komplementerek a kérdéses génszekvenciákkal. Ezen túlmenően ennek a technikának a legfontosabb jellemzője a szondák fluoreszcens festékekkel való jelölése. Így a szondák a kromoszóma komplementer részeihez kötődnek, és megkönnyítik a detektálást.
Ezenfelül a FISH rendkívül érzékeny és specifikus módszer. Ezért ez elterjedt technika a hematológiai rosszindulatú daganatok és szolid daganatok kutatásában és diagnosztizálásában. A FISH azonban alacsony felbontást mutat. A szondaszekvenciák megtervezéséhez a célrendellenesség előzetes ismerete is szükséges.
01. ábra: HAL
A FISH-nak számos alkalmazása van, főként a fertőző betegségek molekuláris diagnosztikájában a kórokozók jelenlétének azonosítására és a kórokozó molekuláris diagnosztikával történő megerősítésére. Ezenkívül a FISH egy általánosan használt technika a fejlődésbiológia, a kariotipizálás és a filogenetikai elemzés, valamint a kromoszómák fizikai feltérképezése területén.
Mi az a CGH?
Az összehasonlító genomi hibridizáció (CGH) egy másik DNS-alapú molekuláris citogenetikai technika, amely képes kimutatni a genomi DNS-szekvenciák változásait. A módszer egy fejlett módszer, amely képes kromoszóma- és génmódosítások elemzésére a genomiális DNS-szekvenciák változásainak vagy elváltozásainak kimutatására. Ezenkívül a CGH megköveteli a DNS izolálását és fragmentálását a kísérleti mintából és a referenciamintából. Ezután a mintákat két különböző fluoreszcens festékkel (általában piros és zöld) kell címkézni. Később mindkét mintát összekeverjük, és lehetővé tesszük a kompetitív hibridizációt. Az utolsó lépés a minták elemzése a DNS-ben bekövetkezett változások, például génduplikáció, génvesztés stb. szempontjából. Különösen a tesztminta és a kontrollminta közötti DNS-kópiaszám-különbségeket méri.
02. ábra: CGH
A CGH egy másik verziója már elérhető; ez egy fejlettebb módszer, mint a normál CGH. Ez egy tömbalapú CGH-nak vagy aCGH-nak nevezett technika. Az aCGH lehetővé teszi a gén- vagy szekvenciadeléciók pontos azonosítását sok ezer szekvenciában egyetlen kísérletben.
Mi a hasonlóság a FISH és a CGH között?
- FISH és CGH két molekuláris technika.
- Mind a FISH, mind a CGH nukleinsav-hibridizáción alapul.
- Emellett mindkét technikához megtervezett szondákra van szükség specifikus DNS-célpontok kimutatásához.
- Genetikai betegségek prenatális és posztnatális diagnosztizálására használjuk.
- Továbbá mind a FISH, mind a CGH nagyon hatékony eszköz a genomiális változások tanulmányozására.
- Fluoreszcens festékeket használnak a szondák címkézésére.
Mi a különbség a FISH és a CGH között?
A FISH egy in situ hibridizációs eljárás, amely fluoreszcens próbákat használ specifikus DNS-szekvenciák kimutatására, míg a CGH egy molekuláris hibridizációs technika, amely a genomi DNS-szekvenciák változásait észleli. Tehát ez a legfontosabb különbség a FISH és a CGH között.
Sőt, a FISH-nak előzetes ismerete szükséges a célrendellenességről a próbaszekvenciák megtervezéséhez, míg a CGH-hoz nincs szükség előzetes ismeretekre. További különbség a FISH és a CGH között, hogy a FISH korlátozott, míg aCGH nagy felbontást mutat.
Az alábbi infografika összefoglalja a FISH és a CGH közötti különbséget.
Összefoglaló – FISH vs CGH
A FISH és a CGH két molekuláris citogenetikai technika, amelyek megkönnyítik a kérdéses génszekvenciák kimutatását. A FISH megkönnyíti a kromoszómán lévő specifikus DNS-szekvencia kimutatását fluoreszcensen jelölt próbák segítségével, míg a CGH elősegíti a genomi DNS-ben bekövetkező változások kimutatását. Tehát ez a legfontosabb különbség a FISH és a CGH között.
