A legfontosabb különbség az NGS és a WGS között, hogy a következő generációs szekvenálás (NGS) egy masszívan párhuzamos második generációs szekvenálási technológia, amely nagy áteresztőképességű, alacsony költséggel és gyorsasággal rendelkezik, míg a teljes genom szekvenálás (WGS) egy átfogó módszer egy sejt teljes genomiális DNS-ének egyidejű elemzésére olyan szekvenálási technikák alkalmazásával, mint a Sanger-szekvenálás, a shotgun megközelítés vagy a nagy teljesítményű NGS-szekvenálás.
Az elmúlt néhány évtizedben az emberek és más állatok genomjának ismerete jelentősen megnövekedett a gyors szekvenálási technikák és a bioinformatikai eszközök felfedezésének köszönhetően. A hagyományos szekvenálási technikáknak, például a Sanger-szekvenálásnak megvoltak a korlátai, ami új gyors szekvenálási módszerek kifejlesztését tette szükségessé, mint például a következő generációs szekvenálás (NGS) és a nanopórusos szekvenálás. A teljes genom szekvenálási (WGS) technika egy új megközelítés, amelyet már számos genomikai kutatási projektben alkalmaznak, például a Genomic England, Egyesült Királyság 100 000 genomikus projektjében. Tehát az NGS és a WGS két szekvenálási módszer, amelyek jelenleg számos genomikai projektben szerepelnek.
Mi az NGS?
Az NGS (következő generációs szekvenálás) egy masszívan párhuzamos, második generációs szekvenálási technológia, amely nagy áteresztőképességgel, alacsony költséggel és gyorsasággal rendelkezik. A következő generációs szekvenálásnak nincs pontos meghatározása. De egyértelműen megkülönböztethetjük a hagyományos kapilláris alapú szekvenálási technikáktól. A következő generációs szekvenálás lehetővé teszi 1 millió bázispárnál nagyobb összméretű DNS-molekula szekvenálását egyetlen kísérletben. Példátlan sebességet és nagy áteresztőképességű lehetőségeket kínál, például lehetővé teszi több egyed DNS-ének egyidejű szekvenálását. Ezt az egyes szekvenálási reakciók térfogatának miniatürizálásával érik el. Ezenkívül ez korlátozza a műszerek méretét és minimalizálja a reagensek reakciónkénti költségét.
01. ábra: NGS-platformok
Az NGS egy rövid leolvasású szekvenálási módszer, amely már forradalmasította a biológiai kutatási területet. Ezenkívül az NGS-t különféle területeken alkalmazzák, mint például a de novo genomszekvenálás, a teljes genom szekvenálása, a transzkriptomelemzés, a kis RNS és a mikro RNS szekvenálása, a célzott reszekvenálás és a teljes exóm szekvenálása.
Mi az a WGS?
A WGS (teljes genom szekvenálás) egy átfogó módszer egy sejt teljes genomiális DNS-ének egyidejű elemzésére olyan szekvenálási technikák alkalmazásával, mint a Sanger-szekvenálás, a shotgun megközelítés vagy a nagy teljesítményű NGS-szekvenálás. Teljes genomszekvenálásnak vagy teljes genomszekvenálásnak is nevezik. A teljes genom szekvenálása magában foglalja a szervezet kromoszómális DNS-ének, valamint a mitokondriumokban lévő DNS-nek, a növényeknél pedig a kloroplasztisz DNS-ének egyidejű szekvenálását. A WGS lehetővé teszi a tudósok számára, hogy leolvassák a teljes DNS-készletet alkotó betűk pontos sorrendjét. Az NGS platformot használó WGS várhatóan forradalmasítja a klinikai beállításokat.
02. ábra: WGS vs hierarchikus sörétes szekvenálás
A teljes genom szekvenálást 2014-ben vezették be a klinikai ellátásba. Ezenkívül a WGS alkalmazása magában foglalja az SNP szintű génszekvenálást a funkcionális variánsok pontos meghatározására asszociációs vizsgálatok során, terápiás beavatkozást a személyre szabott gyógyászatban, evolúcióbiológiát, összehasonlító genomikai elemzést., mutációs és átrendeződési vizsgálatok, ritka változatok asszociációs vizsgálatok, valamint a betegségre való hajlam és a gyógyszerre adott válasz előrejelzése.
Mi a hasonlóság az NGS és a WGS között?
- NGS és WGS két szekvenálási technika.
- Mindkét technika DNS vagy RNS szekvenciája.
- Ezek a technikák újak és megbízhatóak.
- Mindkettőt betegségek diagnosztizálására és gyógyszerkutatásra használják.
Mi a különbség az NGS és a WGS között?
Az NGS egy masszívan párhuzamos második generációs szekvenálási technológia, amely nagy áteresztőképességű, alacsony költségű és gyors, míg a WGS egy átfogó módszer a sejt teljes genomiális DNS-ének egyidejű elemzésére olyan szekvenálási technikák alkalmazásával, mint pl. mint Sanger szekvenálás, shotgun megközelítés vagy nagy áteresztőképességű NGS szekvenálás. Tehát ez a legfontosabb különbség az NGS és a WGS között. Ezenkívül az NGS csak második generációs szekvenálási módszerekből áll, míg a WGS első, második és harmadik generációs szekvenálási módszerekből áll.
A következő táblázat táblázatos formában mutatja be az NGS és a WGS közötti különbségeket egymás melletti összehasonlítás céljából.
Összefoglaló – NGS vs WGS
Az elmúlt évtizedekben különböző szekvenálási technikákat rutinszerűen alkalmaztak a kortárs molekuláris kutatásban. És még ezek is nagyon hatékony eszközök számos klinikai alkalmazáshoz. Az NGS és a WGS két szekvenálási módszer, amelyek jelenleg számos genomikai projektben szerepelnek. Az NGS egy második generációs szekvenálási technológia, amely nagy áteresztőképességű, alacsony költségű és gyors. Másrészt a WGS egy olyan módszer, amellyel egy sejt teljes genomiális DNS-ét vagy teljes genomiális DNS-ét egyszerre elemezzük szekvenálási technikák, például Sanger szekvenálás, shotgun megközelítés vagy nagy teljesítményű NGS szekvenálás segítségével. Tehát ez az NGS és a WGS közötti különbség összefoglalása.
