A legfontosabb különbség a nick-transzláció és a végkitöltés között az, hogy a nick-transzláció egy olyan folyamat, amely jelölt DNS-próbákat hoz létre különféle hibridizációs reakciókhoz, míg a végfeltöltés egy olyan technika, amely tompa fragmentumokat hoz létre úgy, hogy nukleotidokat adnak az egyszálú túlnyúlásokhoz.
A bemetszés és a végkitöltés a molekuláris biológiában használt két technika. A nick-transzlációt a hibridizációhoz szükséges próbák jelölésére használják, hogy specifikus nukleotidszekvenciákat detektálhassanak. A végkitöltést olyan tompa töredékek készítésére használják, amelyeknek ragadós végei voltak, egyszálú túlnyúlással. Mindkét technika nagy jelentőséggel bír, és rutinszerűen alkalmazzák őket molekuláris kutatólaboratóriumokban.
Mi az a Nick Translation?
A nick-transzláció egy fontos technika, amelyet jelzett próbák készítésére használnak különféle molekuláris biológiai technikákhoz, mint például blottolás, in situ hibridizáció, fluoreszcens in situ hibridizáció stb. Ez a DNS-jelölés in vitro módszere. A DNS-próbákat specifikus DNS- vagy RNS-szekvenciák azonosítására használják. Jelzett próba segítségével specifikus fragmenseket lehet megjelölni vagy megjeleníteni egy összetett nukleinsav keverékből. Ezért a jelölt próbákat különféle technikák alkalmazásával állítják elő. A Nick-transzláció az egyik ilyen módszer, amely jelölt próbákat állít elő DNáz 1 és DNS polimeráz 1 enzimek segítségével.
01. ábra: Nick fordítása
A nick transzlációs folyamata a DNáz 1 enzimaktivitással kezdődik. A DNáz 1 bemetszéseket visz be a kettős szálú DNS foszfátvázába azáltal, hogy foszfodiészter kötéseket hasít a nukleotidok között. A nick létrehozása után a nukleotid szabad 3′ OH csoportja keletkezik, és a DNS polimeráz 1 enzim hat rá. A DNS polimeráz 1 5′-3′ exonukleáz aktivitása eltávolítja a nukleotidokat a bemetszésből a DNS-szál 3′ iránya felé.
Egyidejűleg a DNS polimeráz 1 enzim polimeráz aktivitása működik, és nukleotidokat ad hozzá az eltávolított nukleotidok pótlására. Ha a nukleotidok meg vannak jelölve, a helyettesítés a jelölt nukleotidokkal történik, és ez megjelöli a DNS-t azonosítás céljából. Végül ez az újonnan szintetizált jelölt DNS próbaként használható különféle hibridizációs reakciókban.
Mi az a végkitöltés?
A végfeltöltés egy olyan technika, amelyet a molekuláris biológiában használnak tompa töredékek előállítására. A restrikciós emésztés túlnyúló fragmentumokat eredményez. Előfordulhat, hogy ezek a fragmensek nem kompatibilisek plazmidvektorokba ligálással. A vektorokat gyakran tompítják, hogy lehetővé tegyék a nem kompatibilis végek összekapcsolását. Ezért a túlnyúló fragmenseket tompíthatjuk úgy, hogy a nukleotidokat a komplementer szálhoz adjuk, a túlnyúló részt polimerizációs templátként használva. Ezt a folyamatot végkitöltésnek nevezik.
DNS-polimerázok, például a DNS-polimeráz I Klenow-fragmentuma és a T4 DNS-polimeráz katalizálják a végkitöltést. Nukleotidokat adnak hozzá a kitöltéshez (5′ → 3′) és visszarágják (3′ → 5′). Miután a ragadós végek megteltek, tompavá válnak, és készen állnak a vektorba ligálásra.
Továbbá a végkitöltés felhasználható DNS-molekulák jelölésére. Azonban csak ragadós végű DNS-molekulák jelölésére használható. A nick-fordításhoz képest a végkitöltés egy kíméletesebb módszer, amely ritkán okoz DNS-törést.
Mi a hasonlóság a Nick-fordítás és a végkitöltés között?
- Mind a nick-fordítás, mind a végfeltöltés molekuláris biológiai technikák.
- Használhatók szondák címkézésére.
- Mindkettő in vitro
Mi a különbség a Nick-fordítás és a végkitöltés között?
A nick fordítás egy olyan technika, amely jelölt próbákat hoz létre a hibridizációhoz. Ezzel szemben a végfeltöltés egy olyan technika, amely tompa fragmentumokat hoz létre a vektorokba ligáláshoz. Tehát ez a legfontosabb különbség a becefordítás és a végkitöltés között. Ezen túlmenően a Nick-transzláció 5'-3'-es exonukleáz-aktivitást igényel, míg a végkitöltés nem igényel 5-3'-exonukleáz-aktivitást.
Az alábbi infografika részletesebben táblázatba foglalja a nick-fordítás és a végkitöltés közötti különbségeket.
Összefoglaló – Nick-fordítás vs végkitöltés
A nick transzláció egy olyan módszer, amely radioaktívan jelölt nukleotidokat épít be a DNS-be. Jelzett próbákat szintetizál a DNáz 1 és az E. coli DNS polimeráz 1 enzimek aktivitása alapján. A végfeltöltés viszont egy olyan technika, amely tompa töredékeket eredményez. Ha a fragmentumoknak ragadós végei vannak (egyszálú túlnyúlások), akkor a vektorokba való ligáláshoz tompa végűvé kell tenni őket. A végfeltöltés kompatibilis nukleotidokat ad hozzá, és tompa végfragmenseket hoz létre, hogy kompatibilisek legyenek a ligáláshoz. Így ez összefoglalja a nick-fordítás és a végkitöltés közötti különbséget.
