Kulcs különbség – Nick Translation vs Primer Extension
A nick transzláció és a primer kiterjesztése a molekuláris biológiában alkalmazott két fontos technika. A legfontosabb különbség a nick transzláció és a primer kiterjesztése között az, hogy a nick transzlációs folyamat jelölt próbákat hoz létre más hibridizációs technikákhoz, míg a primer kiterjesztési módszer egy specifikus RNS-szekvenciát azonosít egy keverékből, és információkat tár fel az mRNS expressziójáról. Mindkét technika nagy jelentőséggel bír, és rutinszerűen alkalmazzák a molekuláris kutatólaboratóriumokban.
Mi az a Nick Translation?
A nick-transzláció egy fontos technika, amelyet jelzett próbák készítésére használnak különféle molekuláris biológiai technikákhoz, például blottoláshoz, in situ hibridizációhoz, fluoreszcens in situ hibridizációhoz stb. Ez egy in vitro DNS-jelölési módszer. A DNS-próbákat specifikus DNS- vagy RNS-szekvenciák azonosítására használják. Jelzett próba segítségével specifikus fragmenseket lehet megjelölni vagy megjeleníteni egy összetett nukleinsav keverékből. Ezért a jelölt próbákat különféle technikákkal készítik elő, amelyeket különböző technikákhoz kell használni. A Nick-transzláció az egyik ilyen módszer, amely jelölt próbákat állít elő DNáz 1 és DNS polimeráz 1 enzimek segítségével.
A nick-transzlációs folyamat a DNáz 1 enzimaktivitással kezdődik. A DNáz 1 bemetszéseket visz be a kettős szálú DNS foszfátvázába azáltal, hogy foszfodiészter kötéseket hasít a nukleotidok között. Amint a nick létrejön, a nukleotidból szabad 3’ OH csoport szabadul fel, és a DNS polimeráz 1 enzim hat rá. A DNS-polimeráz 1 5'-3' exonukleáz aktivitása eltávolítja a nukleotidokat a bemetszésből a DNS-szál 3' iránya felé. Ezzel egyidejűleg a DNS polimeráz 1 enzim polimeráz aktivitása működik, és nukleotidokat ad hozzá az eltávolított nukleotidok pótlására. Ha a nukleotidokat jelölték, akkor a helyettesítés a jelölt nukleotidokkal történik, és megjelöli a DNS-t azonosítás céljából. Ez az újonnan szintetizált jelölt DNS próbaként használható a molekuláris biológia különböző hibridizációs reakcióiban.
01. ábra: Becenév fordítási folyamata
Mi az a Primer Extension?
A primer kiterjesztése egy olyan technika, amelyet specifikus RNS-szekvencia megtalálására használnak egy RNS-keverékből, és megtalálják az mRNS-transzkriptum 5'-végét. Az RNS szerkezetének és expressziójának tanulmányozására is használják. A primer kiterjesztési módszert jelölt primerekkel vagy jelölt nukleotidokkal végezzük. Jelzett primerek alkalmazása kizárja a cDNS szintéziséhez használt nukleotidok jelölésének szükségességét. Ennek a technikának több lépése van. Az RNS kivonásával kezdődik a mintából. Ezután egy jelölt oligonukleotid primert adunk a keverékhez a szükséges összetevőkkel együtt, hogy szintetizáljuk egy specifikus RNS-szekvencia cDNS-ét. A primer a keverékből származó komplementer szekvenciával lágyul. A primerrel összekapcsolt szekvenciát templátként használva a reverz transzkriptáz enzim szintetizálja az RNS-szekvencia komplementer DNS-ét (cDNS). A primer összekapcsolódása és reverz transzkripciója csak akkor következik be, ha a specifikus RNS-szekvencia jelen van a mintában. Végül, ha denaturáló gélelektroforézist végzünk, meghatározható az RNS-szekvencia mérete. Az mRNS (transzkripciós iniciációs hely) szekvencia +1 bázisát is könnyű megtalálni primer kiterjesztési módszerrel. A mintában jelenlévő mRNS mennyisége ezzel a módszerrel számszerűsíthető, ha többlet primert használunk.
02. ábra: Alapozó hosszabbítás
Mi a különbség a Nick Translation és a Primer Extension között?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| A nick-transzláció egy olyan folyamat, amely jelölt DNS-próbákat hoz létre különféle hibridizációs reakciókhoz. | A primer kiterjesztése egy olyan technika, amelyet specifikus RNS megtalálására vagy génexpresszió tanulmányozására használnak. |
| Használt enzimek | |
| DNáz 1 és DNS polimeráz enzimeket használnak. | Reverz transzkriptáz enzimet használunk. |
| Fontosság | |
| A nick fordítás megkönnyíti a specifikus DNS-szekvencia megjelölését. | A primer kiterjesztése lehetővé teszi a specifikus mRNS-szekvencia méretének és a mintában jelenlévő mennyiségének kimutatását. |
Összefoglaló – Nick Translation vs Primer Extension
A nick-transzláció a DNáz 1 és az E coli DNS polimeráz 1 enzimek aktivitásán alapuló jelölt próbák szintetizálására használt módszer. Ez egy in vitro módszer, amelyet a laboratóriumokban alkalmaztak a különböző hibridizációs technikák előtt. A nick-transzláció során a DNS-polimeráz 1 5'-3' exonukleáz aktivitása eltávolítja a nukleotidokat a nick előtt, és a DNS-polimeráz 1 polimerázaktivitása az eltávolított nukleotidokat a nick mögött található jelölt nukleotidokkal helyettesíti. A primer kiterjesztése egy olyan módszer, amelyet egy specifikus RNS-transzkriptum kimutatására használnak keverékből, és számszerűsítik a kérdéses RNS méretét és mennyiségét. Ez a különbség a nick-fordítás és a primer-kiterjesztés között.
