Kulcs különbség – Probe vs Primer
A molekuláris próba egy kis DNS vagy RNS fragmentum, amely felismeri a komplementer szekvenciákat a DNS-ben vagy RNS-ben, és lehetővé teszi a célszekvencia azonosítását. A primer egy kis DNS- vagy RNS-szakasz, amely a DNS-szintézis kiindulópontjaként szolgál. A primerek és próbák hibridizálnak a templát DNS vagy a cél DNS komplementer nukleotidjaival. A próba és a primer közötti fő különbség azonban az, hogy a primerek szükségesek a DNS-replikációhoz, míg a próbák a DNS-mintában lévő specifikus szekvenciák kimutatásához szükségesek.
Mi az a szonda?
A próba egy kis DNS- vagy RNS-fragmens, amelyet a cél DNS vagy RNS kimutatására használnak a mintában molekuláris hibridizációval. Molekuláris markerekként is ismertek. A próba hossza változhat (100-1000 bázis), és a próba nukleotidjai komplementerek a célszekvencia részével. A kimutatás megkönnyítése érdekében a szondákat radioaktív izotópokkal vagy fluoreszcens festékekkel vagy antitestekkel jelölik. A próbák a célszekvencia komplementer bázisaihoz kötődnek, és felfedik a cél DNS vagy RNS jelenlétét a mintában. A szondák címkézésének két fő módszere van: a végcímkézés és a nick transzláció. A próbákat különböző típusokba sorolják, beleértve a DNS-próbákat, az RNS-próbákat, a cDNS-próbákat és a szintetikus oligonukleotid-próbákat, és különböző technikákkal készülnek.
A szondák számos mikrobiális és molekuláris területen fontos eszközök, mint például a virológia, a törvényszéki patológia, az apasági vizsgálat, a DNS-ujjlenyomat-vétel, a genetikai betegségek kimutatása, az RFLP, a molekuláris citogenetika, az in situ hibridizáció stb.
01. ábra: Fluoreszcensen jelölt szonda a FISH-ban a kórokozó kimutatására
Mi az az alapozó?
A primer egy rövid DNS- vagy RNS-fragmens, amely a DNS-szintézis iniciátoraként szolgál. A DNS polimeráz enzim nukleotidokat ad a primer szekvencia 3’ OH csoportjához, és szintetizálja a templát DNS-sel komplementer új szálat. A primerek nagyon rövid, 18-20 nukleotid hosszúságú fragmentumok. Kémiai úton szintetizálják őket a laboratóriumban in vitro DNS-amplifikációhoz (PCR). A primerek bármilyen nukleotidszekvenciát tartalmazhatnak, mivel azokat a felhasználó tervezi. Úgy szintetizálják őket, hogy illeszkedjenek a templát DNS komplementer bázisaihoz. Ezért bármilyen nukleotidszekvenciát tartalmazhat. A primerek rendkívül fontosak a DNS-replikáció szempontjából, mivel a DNS-polimeráz nem tud új DNS-t szintetizálni egy már létező DNS-darab nélkül. A PCR primerek tervezésekor a következőket kell figyelembe venni:
- A primereknek tartalmazniuk kell a komplementer nukleotidokat az amplifikálódni kívánt DNS szegélyező végénél.
- Az alapozók olvadási hőmérséklete 55–65 0C
- G és C tartalomnak 50 és 60% között kell lennie.
A PCR-ben két primert használnak előre és fordított irányban a minta DNS mindkét szálának replikálásához. A primereket általában PCR és DNS szekvenálás elvégzésére használják.
02. ábra: Primer annealing PCR-ben
Mi a különbség a Probe és a Primer között?
Probe vs Primer |
|
| A próba egy kis DNS/RNS fragmentum, amelyet a célszekvencia jelenlétének kimutatására használnak egy mintában molekuláris hibridizációval. | A primer egy kis DNS- vagy RNS-szakasz, amely a DNS-replikáció kiindulópontjaként szolgál. |
| Funkció | |
| Ez egy meghatározott szekvencia jelenlétét érzékeli a DNS- vagy RNS-mintában. | Ez a DNS-szintézis kiindulópontja. |
| Length | |
| A hossza 100 és 1000 bázis között lehet | A hossza általában körülbelül 18-20 bázis |
| Kötés komplementer szekvenciával | |
| A próba hibridizálódik a célszekvencia komplementer bázisaival | A primer összekapcsolódik a DNS-szálak komplementer bázisaival. |
| Címkézés | |
| A szondák fel vannak címkézve a könnyebb észlelés érdekében | Az alapozók általában nincsenek felcímkézve |
| Használja PCR-ben | |
| A szondákat nem használják a PCR-ben | Primereket használnak a PCR-ben |
Összefoglaló – Probe vs Primer
A próba a DNS- vagy RNS-szekvencia egy kis töredéke, amely komplementer nukleotidokkal hibridizálható a mintában lévő célszekvencia kimutatására. A próbákat radioaktívan, immunológiailag vagy fluoreszcensen jelölik, hogy lássák a célszekvencia jelenlétét. A primer egy nagyon kicsi DNS- vagy RNS-fragmens, amely az in vitro DNS-amplifikáció kiindulópontjaként szolgál. A DNS polimeráz azonosítja a 3’ OH csoport primert, és elindítja a templáttal komplementer új szál felépítését. A próbák és a primerek hasonlóan működnek komplementer nukleotidokkal hibridizálva. Így a fő különbség a szonda és a primer között az elsődleges funkciójuk.
