A legfontosabb különbség a FASTA és a FASTQ között az, hogy a FASTA egy szövegalapú formátum, amely csak nukleotid- vagy fehérjeszekvenciákat tárol, míg a FASTQ egy szövegalapú formátum, amely a szekvencia és a kapcsolódó szekvencia-minőségi értékeket egyaránt tárolja.
A bioinformatika olyan terület, amely különböző szoftvereket használ a biológiai adatok elemzésére és megértésére, különösen akkor, ha az adathalmaz összetett és nagy. Ez a terület egyesíti a biológiát, a kémiát, a fizikát, a számítástechnikát, az informatikát, a matematikát és a statisztikát a biológiai adatok elemzéséhez és értelmezéséhez. A FASTA és a FASTQ két szekvenciaábrázolási formátum a bioinformatika területén a szekvenciák összehangolására és elemzésére. Valójában a FASTQ egy sorozatfájl formátum, amely kiterjeszti a FASTA formátumot a sorozat minőségének tárolására.
Mi az a FASTA?
A FASTA egy DNS- és fehérjeszekvenciát igazoló szoftver. A FASTA szoftver FASTA formátumot használ. Ez egy szövegalapú formátum, amely vagy nukleotid szekvenciákat vagy aminosav (fehérje) szekvenciákat jelent. Itt az egybetűs kódok mindkét sorozatot képviselik. A FASTA fontos eszköz a bioinformatika és a biokémia területén. Ez a formátum lehetővé teszi, hogy a szekvencianevek és megjegyzések megelőzzék a sorozatokat.
01. ábra: FASTA sorozat
Ez a formátum a FASTA szoftverből származik, és David J. Lipmann és William R. Pearson vezette be 1985-ben. A FASTA eszközt az idők során számos módosulás érte, a legújabb verzió pedig a fehérje:fehérje, DNS programokat tartalmazza.:DNS, protein:lefordított DNS (frame shiftekkel) és rendezett vagy rendezetlen peptid keresések. A FASTA beolvas egy adott nukleotid- vagy aminosavszekvenciát, és megkeresi a megfelelő szekvencia-adatbázist helyi szekvencia-illesztés segítségével, hogy megtalálja a hasonló adatbázis-szekvenciák egyezését.
Mi az a FASTQ?
A FASTQ a bioinformatika területén használt igazító szoftver, amely egy biológiai szekvenciát (általában nukleotidszekvenciát) és a hozzá tartozó minőségi pontszámokat egyaránt tárol. A FASTQ-t eredetileg a Wellcome Trust Sanger Institute egy FASTA formátumú szekvencia és a kapcsolódó minőségi adatok összekapcsolására fejlesztette ki. A bioinformatika fejlesztésével a FASTQ de facto szabvány lett számos nagy áteresztőképességű szekvenáló műszer kimenetének tárolására.
A FASTQ formátum sorozatonként négy különböző sort használ. Az 1. sor @ karakterrel kezdődik, és egy sorozatazonosító követi (hasonlóan a FASTA címsorhoz). A 2. sor nyers sorozatbetűket tartalmaz. A 3. sorban a sorozat egy „+” karakterrel kezdődik, és opcionálisan ugyanaz a sorozatazonosító követi. A 4. sor a 2. sorban lévő sorozat minőségi értékeit kódolja, és ugyanannyi szimbólumból kell állnia, mint a sorozat betűi.
Mi a hasonlóság a FASTA és a FASTQ között?
- FASTA és FASTQ igazítási eszközök.
- Ez két sorozatábrázolási formátum.
- Mindkettő a bioinformatika területéhez kapcsolódik.
- Mind a FAST, mind a FASTQ fontos eszköz a tároláshoz és a szekvenáláshoz.
- A FASTQ a FASTA formátum kiterjesztése, amely képes tárolni a sorozat minőségét.
Mi a különbség a FASTA és a FASTQ között?
A FASTA egy szövegalapú formátum, amely csak nukleotid- vagy fehérjeszekvenciákat tárol, míg a FASTQ egy szövegalapú formátum, amely a szekvencia és a kapcsolódó szekvencia-minőségi értékeket egyaránt tárolja. Így ez a legfontosabb különbség a FASTA és a FASTQ között. Ezenkívül a FASTA a leképezés után tárolja a szekvenciafragmenseket, míg a FASTQ a szekvenciafragmenseket a leképezés előtt. Ezenkívül a FASTA és a FASTQ közötti másik különbség az, hogy a FASTA egy leírási sorból, a FASTAQ pedig négy sorból áll.
Az alábbi infografika táblázatos formában mutatja be a FASTA és a FASTQ közötti különbségeket egymás melletti összehasonlítás céljából.
Összefoglaló – FASTA vs FASTQ
A bioinformatika különböző formátumú szekvenciákat használ, mint például a FASTA és a FASTQ stb. A FASTA a leképezés után tárolja a szekvencia fragmentumokat, míg a FASTQ a szekvencia fragmentumokat a leképezés előtt. A FASTA egy DNS- és fehérjeszekvenciát igazoló szoftver. A protein:protein, DNS:DNS, protein:translated DNS (frame shiftekkel) programokból, valamint rendezett vagy rendezetlen peptidkeresésekből áll. A FASTQ egy a bioinformatika területén használt igazító szoftver, amely egy biológiai szekvenciát (általában nukleotidszekvenciát) és a megfelelő minőségi pontszámokat egyaránt tárol. A FASTA egy leírási sorból, a FASTQ pedig négy sorból áll. Tehát ez összefoglalja a FASTA és a FASTQ közötti különbséget.
