A fő különbség a BLAST és a FastA között az, hogy a BLAST egy alapvető igazítási eszköz, amely a Nemzeti Biotechnológiai Információs Központ honlapján, míg a FastA egy hasonlóságkereső eszköz, amely az Európai Bioinformatikai Intézet honlapján érhető el.
A BLAST és a FastA két olyan szoftver, amelyet széles körben használnak különböző fajok DNS-ének, aminosavainak, fehérjéinek és nukleotidjainak biológiai szekvenciáinak összehasonlítására, és hasonlóságuk keresésére. Ezeket az algoritmusokat a sebességet szem előtt tartva írtuk. Mivel az 1980-as évek közepén, amikor a tudósoknak sikerült DNS-t izolálniuk laboratóriumi körülmények között, szükség volt az azonos gének összehasonlítására és megtalálására a további nagy sebességű kutatáshoz. Ezért ezt a két szoftvert úgy fejlesztették ki, hogy a felhasználó gyorsan kereshessen hasonló szekvenciák között a lekérdezési szekvenciáival.
A BLAST a Basic Local Alignment Search Tool rövidítése, és a lokalizált megközelítést használja a két szekvencia összehasonlításához. A FastA egy olyan szoftver, amely a Fast A-ra utal, ahol az A az összeset jelenti. Itt a szoftver olyan ábécékkel működik, mint a Fast A a DNS-szekvenáláshoz és a Fast P a fehérjékhez. Mind a BLAST, mind a FastA nagyon gyors bármilyen genom adatbázis összehasonlításában, ezért nagyon életképes anyagilag és időt takarít meg.
Mi az a BLAST?
A BLAST az egyik legszélesebb körben használt bioinformatikai szoftver, amelyet 1990-ben fejlesztettek ki. Azóta mindenki számára elérhető az NCBI oldalán. Továbbá bárki hozzáférhet ehhez a szoftverhez és használhatja. Ezenkívül a BLAST egy olyan szoftver, amelyhez FastA formátumú bemeneti adatokra vagy sorozatokra van szükség. De a kimeneti adatokat egyszerű szöveg, HTML vagy XML formátumban adja meg. A BLAST azon az elven működik, hogy lokalizált hasonlóságokat keres két szekvencia között, és röviden felsorolja a hasonló szekvenciákat, majd ezt követően szomszédsági hasonlóságokat keres.
01. ábra: BLAST-eredmények
Így ez a szoftver nagyszámú hasonló helyi régiót keres, és egy küszöbérték elérésekor adja meg az eredményt. Ez a folyamat azonban eltér a korábbi szoftvertől, amely először megkeresi a teljes sorozatot, majd elvégzi az összehasonlítást, és ezért sok időt vett igénybe.
A fenti hasonlóság-ellenőrzésen kívül a BLAST-nak számos más felhasználási területe is van, mint például a DNS-térképezés, a különböző fajok két azonos génjének összehasonlítása, egy filogenetikai fa létrehozása stb.
Mi az a FastA?
A FastA egy fehérjeszekvencia-illesztő szoftver. David J. Lipman és William R. Pearson 1985-ben írta le ezt a szoftvert. Bár a szoftver eredeti használata csak a fehérjeszekvenciák összehasonlítására irányult, a módosított változata képes volt DNS-szekvenciák összehasonlítására is. Itt ez a szoftver azt az elvet használja, hogy statisztikailag megtalálja a hasonlóságot két szekvencia között. Helyi szekvenciaillesztési módszerrel párosítja a DNS vagy fehérje egyik szekvenciáját egy másik szekvenciával.
02. ábra: FastA
Azonban helyi régiókat keres a hasonlóság miatt, de nem a legjobb egyezést két sorozat között. Mivel ez a szoftver időnként összehasonlítja a lokalizált hasonlóságokat, előfordulhat eltérések is. Egy szekvenciában a FastA egy kis részt vesz fel, úgynevezett k-sorokat, ahol a sorok 1-től 6-ig lehetnek, és megegyeznek a másik sorozat k-soraival. Az illesztési folyamat végén, amikor elér egy küszöbértéket, kiadja az eredményt.
Mi a hasonlóság a BLAST és a FastA között?
- A BLAST és a FastA bioinformatikai eszközök, amelyeket fehérje- és DNS-szekvenciák összehasonlítására használnak hasonlóságok miatt.
- Ezenkívül mindkét program pontozási stratégiát használ a sorozatok összehasonlítására.
- Továbbá mindkét eszköz rendkívül pontos eredményeket ad.
Mi a különbség a BLAST és a FastA között?
A BLAST egy eszköz a biológiai szekvenciák közötti hasonlóság ellenőrzésére. Másrészt a FastA egy másik program, amely megkönnyíti a fehérje- és DNS-szekvenciák hasonlóságának ellenőrzését. A FastA-val összehasonlítva azonban a BLAST szoftver nagyon népszerű, mivel pontosabb és gyorsabb eredményeket ad. Ezért ez a különbség a BLAST és a FastA között. Továbbá a FastA-val ellentétben a BLAST program a felhasználó igényei szerint módosítható. Ezért ez egy másik különbség a BLAST és a FastA között.
A BLAST és a FastA közötti különbségről szóló alábbi infografika további részleteket nyújt.
Összefoglaló – BLAST vs FastA
A BLAST és a FastA két olyan program, amely lehetővé teszi a felhasználó számára, hogy összehasonlítsa lekérdezési sorozatát a meglévő adatbázisok sorozataival, és ellenőrizze a hasonlóságokat. A FastA kezdeti célja csak a fehérjeszekvenciák összehasonlítása volt. A szoftver módosított verziója azonban lehetővé teszi a fehérje- és DNS-szekvencia összehasonlítását. Bár a FastA jó szoftver, a legtöbb ember BLAST igazító eszközt használ, mivel népszerűbb, és pontosabb és gyorsabb eredményeket ad, mint a FastA. Ezenkívül a BLAST eszköz a felhasználói igényeknek megfelelően módosítható. Röviden, ez összefoglalja a BLAST és a FastA közötti különbséget.
