A LINE-ok és a SINE-k közötti fő különbség az, hogy a LINE-ok (hosszú közbeiktatott nukleáris elemek) a hosszabb, nem LTR retrotranszpozonok, míg a SINE-k (rövid interpersed nukleáris elemek) sokkal rövidebb, nem LTR retrotranszpozonok.
A nem LTR retrotranszpozonok nem tartalmaznak hosszú terminális ismétléseket (LTR). Azonban tartalmaznak reverz transzkriptáz, RNS-kötő fehérje, nukleáz és ribonukleáz H domén géneket. A nem LTR retrotranszpozonok rövid ismétlődésekkel rendelkeznek. Ezeknek az ismétlődéseknek fordított sorrendje van egymás mellett. Ezen kívül a nem LTR retrotranszpozonok közvetlen ismétlődésekkel is rendelkeznek az LRT transzpozonokban. A nem LTR retrotranszpozonok két kategóriába sorolhatók: LINE-ek és SINE-ek.
Mik azok a VONALAK?
A LINE-ek (hosszú közbeiktatott magelemek) hosszabb, nem LTR retrotranszpozonok. Széles körben elterjedtek az eukarióták genomjában. Általában az emberi genom 21,1%-át teszik ki. Mindegyik vonal körülbelül 7000 bázispár hosszú. A LINE-ok mRNS-vé íródnak át, és olyan fehérjékké alakulhatnak, amelyek reverz transzkriptáz enzimként működhetnek. Ez a reverz transzkriptáz a LINEs RNS DNS-másolatát állítja elő. Ezek a DNS-kópiák egy új helyen integrálhatók a genomba.
01. ábra: VONALOK és SINE-ok
Az emberi genomban egyetlen bőséges LINE-vonal található, a LINE-1. A LINE-1 elem körülbelül 6000 bázispár hosszú. Az emberi genomban körülbelül 100 000 csonka LINE-1 elem található. Véletlenszerű mutáció fordulhat elő a LINE-ekben. A véletlenszerű mutációk miatt a LINE-ok degenerálódhatnak. Már nem írják át és nem fordítják le. Ezenkívül a vonalak öt fő csoportba vannak csoportosítva, például L1, RTE, R2, I és jockey. Ez az öt csoport további 28 kládra oszlik.
A vonalak általában egy olyan mechanizmuson keresztül terjednek, amelyet célprimed fordított transzkripciós mechanizmusnak (TPRT) neveznek. A LINE-ok beiktatása emberi betegségeket okoz, mint például A hemofília, rák, mendeli rendellenességek stb. A LINE-ok hipometilációja bizonyos típusú rákot is kivált.
Mik azok a SINE-ek?
A SINE-k (rövid közbeiktatott nukleáris elemek) a sokkal rövidebb, nem LTR retrotranszpozonok egy fajtája. Körülbelül 100-700 bázispár hosszúak. A SINE-k olyan DNS-elemek is, amelyek RNS intermediereken keresztül amplifikálják magukat az eukarióta genomokban. A SINE-k az emlős genom körülbelül 13%-át teszik ki. A SINE-k belső régiói a tRNS-ből származnak. Továbbra is erősen megőrzött. Gyakran jelen vannak számos gerinces és gerinctelen állatfajban. A kópiaszám-variáció és a SINE-k mutációi beépíthetők a fajok filogenetikai alapú osztályozásának megalkotásához.
A SINE-ek három fő típusba sorolhatók: CORE-SINE, V-SINE és AmnSINE. Az alumínium elem a leggyakoribb SINE a főemlősökben. Ezenkívül több mint 50 emberi betegség kapcsolódik a SINE-k behelyezéséhez. Amikor exonokon belül vagy azok közelében helyezkednek el, helytelen splicinget okozhatnak, vagy megváltoztathatják az olvasási keretet. Ez olyan betegségek fenotípusához vezet, mint az emlőrák, vastagbélrák, leukémia, hemofília, cisztás fibrózis, vastagbélrák, Dent-kór, neurofibromatózis stb.
Mi a hasonlóság a vonalak és a szinuszok között?
- A LINEs és a SINE kétféle nem LTR retrotranszpozon.
- Mindkettőnek nincs hosszú terminális régiója (LTR).
- Mindkettő túlnyomórészt csak eukariótákban található.
- Mindketten nem önállóak.
Mi a különbség a vonalak és a szinuszok között?
A LINE-ok hosszabb nem LTR retrotranszpozonok, míg a SINE-k sokkal rövidebb nem LTR retrotranszpozonok. Tehát ez a legfontosabb különbség a LINE-ok és a SINE-ek között. Ezenkívül a LINES a reverz transzkriptáz enzimet kódolja, míg a SINE nem kódolja a reverz transzkriptáz enzimet. Így ez egy másik különbség a LINE-ok és a SINE-ek között.
További különbségek a LINE-ok és a SINE-ek között az alábbiakban táblázatos formában, egymás melletti összehasonlítás céljából láthatók.
Összefoglaló – LINEs vs SINEs
A retrotranszpozonok főként minden eukariótában megtalálhatók, de a prokariótákban hiányoznak. Az emberi genom körülbelül 37%-a tartalmaz retrotranszpozonokat. A retrotranszpozonok főként két típusból állnak: LTR és nem LTR retrotranszpozonok. A nem LTR retrotranszpozonok nem tartalmaznak hosszú terminális ismétléseket (LTR), amelyek jelen vannak az LTR retrotranszpozonokban. A nem LTR retrotranszpozonok további két kategóriába sorolhatók: LINE-ok és SINE-k. A LINE-ok hosszabb nem LTR retrotranszpozonok, míg a SINE-k sokkal rövidebb nem LTR retrotranszpozonok. Így ez a LINE-ok és a SINE-ok közötti különbség összefoglalása.
