A legfontosabb különbség a molekuláris dokkolás és a pontozás között az, hogy a dokkolás egy olyan technika, amelyet két molekula közötti kötési affinitás meghatározására használnak, míg a pontozás egy adott póz értékelésének folyamata a kedvező intermolekuláris kölcsönhatások számának megszámlálásával.
A molekuláris dokkolás és pontozás kifejezéseket a molekuláris modellezés területén használják. A molekuláris modellezés egy olyan technika, amellyel meghatározható a különböző molekulák lehetséges elrendeződése egy adott anyagban. Ez a technika fontos új stabil vegyületek létrehozásában.
Mi az a molekuláris dokkolás?
A molekuláris dokkolás a ligandum jelölt receptorhoz való kötődésének számítási szimulációja. Ez a módszer megjósolja az egyik molekula előnyös orientációját egy másik molekulához, amikor egymáshoz kötődnek, és stabil komplexet képeznek. Az ezzel a technikával kapott eredmények felhasználhatók két molekula közötti asszociációs erősség vagy kötési affinitás előrejelzésére. Itt a molekuláris pontozási függvény is fontos.
01. ábra: Egy egyszerű diagram a biológiai rendszerek molekuláris kölcsönhatásainak folyamatáról
Általában ez a technika a biológiailag releváns molekulákat, például fehérjéket, peptideket, nukleinsavakat, szénhidrátokat és lipideket veszi figyelembe. Ezek a molekulák nagyon fontosak, és fontos szerepet játszanak szervezetünk jelátviteli mechanizmusaiban. Ezért a jelátviteli folyamathoz kötődő két molekula orientációja befolyásolja az itt előállított jel típusát. Azt jelenti; A molekuláris dokkolás fontos a biológiai rendszerekben a jelátvitel során keletkező jel erősségének és típusának meghatározásában.
Sőt, a molekuláris dokkolási technikák fontosak a szerkezet alapú gyógyszerek tervezésében. Ez annak köszönhető, hogy megjósolható a kis molekulák, például ligandumok megfelelő kötőhelyhez való kötődése.
Mi az a molekuláris pontozás?
A molekuláris pontozás egy olyan matematikai függvény, amely hasznos a molekuláris dokkolás előrehaladásának kiértékelésében. A számítási kémia területén pontozási függvényeket használnak a két molekula közötti kötési affinitás előrejelzésére a dokkolási folyamat után. Például, ha van egy kis molekula részecskés gyógyszerünk, és van egy biológiai célpont, például egy fehérje, akkor értékelhetjük a gyógyszer affinitását a kötőhelyhez. Ezenkívül a molekuláris pontozás felhasználható két fehérje közötti intermolekuláris kölcsönhatások előrejelzésére, vagy egy fehérje és DNS-molekulák között.
02. ábra: Pontozási függvény röviden
A molekuláris pontozás fő alkalmazása a gyógyszertervezési folyamatokban van – például virtuális szűrésben, de novo tervezésben, vezetőoptimalizálásban stb.
Mi a különbség a molekuláris dokkolás és a pontozás között?
A molekuláris dokkolás és pontozás fontos a molekuláris modellezésben. A legfontosabb különbség a molekuláris dokkolás és a pontozás között az, hogy a dokkolás egy olyan technika, amelyet két molekula közötti kötési affinitás meghatározására használnak, míg a pontozás egy adott póz értékelésének folyamata a kedvező intermolekuláris kölcsönhatások számának megszámlálásával.
A következő infografika összefoglalja a molekuláris dokkolás és a pontozás közötti különbséget.
Összefoglaló – Molekuláris dokkolás vs pontozás
A molekuláris dokkolás és pontozás fontos a molekuláris modellezésben. A legfontosabb különbség a molekuláris dokkolás és a pontozás között az, hogy a dokkolás egy olyan technika, amelyet két molekula közötti kötési affinitás meghatározására használnak, míg a pontozás egy adott póz értékelésének folyamata a kedvező intermolekuláris kölcsönhatások számának megszámlálásával.
