A fő különbség a konszenzusos PCR és a pan-PCR között az, hogy a konszenzusos PCR mindig a konzervált régiókat célozza meg, míg a Pan PCR a változó régiókat célozza meg egy csoport különböző törzseinek azonosítása érdekében
A polimeráz láncreakció (PCR) egy génamplifikációs technika, amely három fő lépésből áll, mint a denaturáció, az annealing és az extenzió. Ezt széles körben használják a diagnosztikában és a molekuláris azonosításban. A konszenzusos PCR és Pan PCR technikák az egyes PCR-típusok által használt primer célpontokon alapulnak.
Mi az a Consensus PCR?
A konszenzusos PCR egy olyan PCR-technika, amely egy adott faj vagy nemzetség konzervált régióját célozza meg. Ezért erősen konzervált régiókat választanak az amplifikációhoz. Ezzel a módszerrel az organizmusokat konszenzusuk alapján lehet azonosítani és megkülönböztetni. Ez a módszer egy konzervált régiót azonosít egy adott faj számára. Például a baktériumok 16s rRNS régiója a baktériumok között konzervált régió marad. Ezért csak egy primer készletre van szükség az amplifikációhoz. A legtöbb esetben egy univerzális primer specifikus használható a konzervált régióhoz.
01. ábra: PCR-technika
Konszenzusos PCR-módszert követve a fajok jellemzésére és az evolúciós kapcsolatokra lehet következtetni. Az adott minta organizmus amplifikációs hatékonysága alapján a szervezet konszenzusa is levezethető a csoport felé. Ezenkívül a konszenzusos PCR elvégzése létfontosságú a filogenetikai vizsgálatokban. Lehetővé teszi egy faj azonosítását, és értelmezi az adott organizmus eltéréseit a közös ősökben.
Mi az a Pan PCR?
A Pan PCR a PCR multiplexelési módja. Ebben a technikában különböző törzseket amplifikálnak különböző primer célpontok segítségével. A célpontok azonban a törzscsoportok közös célpontjai lehetnek. Így a Pan PCR-ben kettőnél több primer készlet használható egyszerre. Ez történhet egycsöves reakciómódszerként vagy többcsöves reakciómódszerként. A Pan PCR időigényesebb és összetettebb, mint a konszenzusos PCR. Emiatt a PCR-eredmények értelmezése is bonyolultabb lehet a Pan PCR-ben.
A Pan PCR fő alkalmazása a molekuláris diagnosztikában. Lehetővé teszi egy faj különböző törzseinek megkülönböztetését célamplifikációval. A Pan PCR ideális módszer egyetlen faj különböző, betegséget okozó törzseinek azonosítására. A legtöbb esetben a Pan PCR technikák automatizálása különféle egészségügyi állapotok esetén nagyon fontos, és megbízható és rendkívül hatékony technika.
Mi a hasonlóság a Consensus PCR és a Pan PCR között?
- A konszenzusos PCR és a Pan PCR a PCR-technikák két típusa.
- Mindkét eljárás az általános háromlépéses eljárást követi – denaturálás, lágyítás és extenzió.
- Célspecifikus primereket használnak.
- Mindkét reakció hőciklusban játszódik le.
- Ezek a reakciók automatizálhatók.
- Mindkettő használható molekuláris diagnosztikában és azonosításban; azonban a pontosság változó.
- Ezek az eljárások érvényesítést igényelnek.
Mi a különbség a Consensus PCR és a Pan PCR között?
Mind a Consensus, mind a Pan PCR ugyanazt a rutin eljárást követi. A konszenzusos PCR és a Pan PCR közötti fő különbség azonban az egyes eljárások által használt primer célpontokon alapul. Míg a konszenzusos PCR mindig a konzervált régiókat célozza meg, a Pan PCR a variábilis régiókat célozza meg, hogy azonosítsa egy csoport különböző törzseit. Ennek a különbségnek köszönhetően a primer tervezési protokollok, a használt primer készletek száma és a konkrét alkalmazások eltérőek.
Az alábbi infografika összefoglalja a Consensus PCR és a Pan PCR közötti különbséget.
Összefoglaló – Konszenzus PCR vs Pan PCR
A Mulli által bevezetett PCR fontos forradalmi szerepet játszik a molekuláris biológiai alkalmazásokban. A Consensus és a Pan PCR a primer célrégiójukon alapuló PCR két típusa. Míg a konszenzusos PCR a konzervált régiókat célozza meg, a Pan PCR a változó régiókat célozza meg, és fontos szerepet játszik a törzs azonosításában. A konszenzusos PCR és a Pan PCR közötti alapvető különbség miatt az egyes PCR-típusok specifikus funkciói is változnak a filogenetikai elemzéstől a molekuláris karakterizáláson át a molekuláris diagnosztikáig.
