Kiemelt különbség – Proteomika vs transzkriptomika
Az omic technológia egy aktuális trend, ahol egy szervezet különböző biomolekuláit egy egész gyűjteményként tekintik tulajdonságaira és funkcióira tekintettel. Az omic technológiának széles körű alkalmazásai vannak. A biológiai minták különböző omikái közé tartozik a genomika, a proteomika, a transzkriptomika és a metabolomika. A proteomika magában foglalja az élő szervezetben lévő összes fehérje teljes tanulmányozását. Úgy definiálják, mint a szervezetben expresszált összes fehérje halmazát, annak szerkezeti és funkcionális tulajdonságait. Ezért a fehérjék teljes halmaza alkotja a proteomot. A transzkriptomika az élő szervezetben jelenlévő összes hírvivő RNS (mRNS) molekula teljes tanulmányozása. Így a transzkriptomika azokkal a génekkel foglalkozik, amelyek egy élő szervezetben aktívan expresszálódnak. Az élő szervezetben lévő teljes mRNS-készletet transzkriptomnak nevezik. A proteomika és a transzkriptomika közötti fő különbség a biomolekula típusán alapul. A proteomikában az élő szervezetben expresszált fehérjék teljes halmazát, míg a transzkriptomikában egy élő szervezet teljes mRNS-ét tanulmányozzák.
Mi az a proteomika?
A proteomika kifejezést 1995-ben találták ki, és eredetileg úgy határozták meg, mint egy sejtben, szövetben vagy szervezetben lévő teljes fehérje-komplementet. A proteomikai vizsgálatok előrehaladtával ezt követően úgy módosult, hogy gyűjtőfogalomnak tekintsék, amelybe számos tanulmányi terület beletartozott. Jelenleg a proteomika témakörben a fehérjék szerkezetét, orientációját, funkcióit, kölcsönhatásait, módosulásait, alkalmazásait és jelentőségét vizsgálják. Ezért jelenleg sok kutatás folyik a proteomika területén.
Az első proteomikai vizsgálatokat az Escherichia coli fehérjetartalmának meghatározására végezték. A teljes fehérjetartalom feltérképezése kétdimenziós (2D) gélekkel történt. Ennek sikere után a tudósok áttértek az állatok, például tengerimalacok és egerek teljes fehérjetartalmának jellemzésére. Jelenleg az emberi fehérjetérképezés 2D gélelektroforézissel történik.
Proteomika alkalmazásai
A proteomika tanulmányozásának számos előnye van, mivel a fehérjék katalizátor tulajdonságai miatt a fehérjék a legtöbb tevékenység irányító molekulái. Így a teljes fehérjék vizsgálata információkat szolgáltathat egy szervezet egészségi állapotáról. Egyes alkalmazások:
- Genom annotáció: Egy élőlény fehérjetartalmának tanulmányozásával pontosan meghatározható az aktív fehérjevegyületért felelős genom. Ebben a forgatókönyvben az összes genomika eredményei, a transzkriptomika és a proteomika fontosak.
- Betegség azonosítása / Diagnosztika: A proteomika a betegség állapotának azonosítására szolgál, az egészségesek és a betegek összehasonlításával
- A kísérlet során vizsgált fehérje expresszió végrehajtásához.
- Fehérjemódosítások és interakciós vizsgálatok: A fehérjék in vitro körülmények között vagy és in vivo körülmények között történő felhasználásához, ezen extrahált fehérjék tárolási körülményeinek meghatározása, valamint a fehérje viselkedésének vizsgálata in vitro, in vivo és in vitro körülmények között. – silico módszerek.
01. ábra: Proteomika
A proteomikában különböző technikák szerepelnek
- A teljes fehérje extrakciója és a fehérjék elválasztása 2D gélelektroforézissel. A fehérjék nagy teljesítményű folyadékkromatográfiával (HPLC) is elválaszthatók.
- A kivont fehérjék szekvenálása olyan módszerekkel, mint az Edmund-féle szekvenálási módszer vagy a tömegspektrometria.
- A szekvenciák azonosítása után számítógépes szoftverrel és bioinformatikai eszközökkel elemzik a fehérjetartalom szerkezeti és funkcionális tulajdonságait.
Mi az a transzkriptomika?
Az átírás kifejezést nemrégiben alkották meg. A transzkriptomika egy szervezet teljes mRNS-tartalmának vizsgálata. A teljes mRNS egy élő szervezetben vagy sejtben expresszált DNS. Az mRNS teljes gyűjteményét transzkriptomnak nevezik.
Az átirat elemzéséhez vezető lépések a következők:
- RNS kivonása, mRNS elválasztása oszlopos gélkromatográfiával poli DT gyöngyökkel.
- Az mRNS szekvenálása megtörtént.
A Microarray technológia az egyik gyakori módja egy szervezet transzkriptumának azonosításának. A microarray technika magában foglal egy próbalemezt a transzkriptom komplementer szálaival. A hibridizáció során a szervezetben vagy sejtekben jelen lévő mRNS jellemezhető.
02. ábra: Átírási technikák
A transzkriptomikát ma már széles körben használják az orvostudományban. A betegségdiagnosztika és a betegségprofilalkotás a transzkriptomika fő területei. Egy organizmus transzkriptumának elemzésével azonosítható az idegen mRNS, és ha van fertőzés, az azonosítható. A nem kódoló RNS transzkriptomikus technológiával elkülöníthető. És a gének kifejeződése is nyomon követhető különböző környezeti igénybevételek hatására.
Mi a hasonlóság a proteomika és a transzkriptomika között?
- Mindkettő az omic technológia fogalmának részét képezi.
- Mindkettőt betegségek diagnosztizálására és egy szervezet betegségjellemzésére használják.
- Mindkét vizsgálati terület a biomolekula extrakciójával, a biomolekula szétválasztásával és a szekvenálási lépésekkel foglalkozott.
Mi a különbség a proteomika és a transzkriptomika között?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| A proteomika magában foglalja az élő szervezetben lévő összes fehérje teljes tanulmányozását. | A transzkriptomika az élő szervezetben jelenlévő összes hírvivő RNS (mRNS) molekula teljes tanulmányozása. |
| Tanulmányozott biomolekulatípus | |
| A fehérjéket a proteomikában tanulmányozzák. | mRNS-t a transzkriptomikában tanulmányoznak. |
| Tényezők tanulmányozva | |
| A fehérjék szerkezetét, működését, kölcsönhatásait, módosításait és alkalmazásait a proteomika tanulmányozza. | A szekvencia szerkezetét, a környezettel való kölcsönhatásait és az mRNS alkalmazásait a transzkriptomika tanulmányozza. |
Összefoglaló – Proteomika kontra Transzkriptomika
Az omika fontos szerepet játszik az élettudományok területén. A proteomika a fehérjék teljes gyűjteményét alkotó proteomok tanulmányozására utal egy sejtben vagy szervezetben. A transzkriptomika a transzkriptom tanulmányozására utal, amely az expresszált DNS teljes készlete, amely mRNS formájában van. A két vizsgálati terület, a proteomika és a transzkriptomika a genomika bevezetése után jött létre, és jelenleg széles körben használják az orvosi diagnosztikában, valamint az organizmusok jellemzésében és szűrésében. Ez a különbség a proteomika és a transzkriptomika között.
Töltse le a Proteomics vs Transcriptomics PDF-fájlját
A cikk PDF-verzióját letöltheti, és offline célokra használhatja az idézési megjegyzés szerint. Kérjük, töltse le a PDF verziót innen: Különbség a proteomika és a transzkriptomika között
