A fő különbség a célzott és a nem célzott proteomika között az, hogy a célzott proteomika egy adott fehérje bőségességének mérésére irányul, míg a nem célzott proteomika nem egy specifikus fehérjét céloz meg.
A proteomika a fehérjék, szerkezetük és funkcióik nagyszabású tanulmányozása. Egy sejtben, szövetben vagy szervezetben a teljes fehérjekomplementet vizsgálja meghatározott körülmények között. Kétféle proteomika létezik: célzott proteomika és nem célzott proteomika.
Mi az a Targeted Proteomics?
Amint a neve is mutatja, a célzott proteomika egy specifikus fehérjét vagy peptidet céloz meg fehérjék összetett keverékében elemzés céljából. Ezután elemzi az előre kiválasztott specifikus fehérje jelenlétét és mennyiségét. Ez a módszer csak egy mintára vagy több mintára is alkalmazható. Ez a módszer alkalmas még a fehérjék egy meghatározott csoportjára is. Pontosabb, kvantitatívabb és érzékenyebb adatokat eredményez. Ezenkívül a tömegspektrometria célzott proteomikával párosulva pontosabb, megbízható méréseket eredményez. Ez a módszer hármas kvadrupólus tömegspektrométert (QQQ) használ az elemzéshez.
01. ábra: Proteomika
A célzott proteomika megfelelő módszer, ha ellenőrizni szeretné, hogy egy knockdown célpontot valóban leütöttek-e, vagy ha egy adott fehérjét/peptidet szeretne mennyiségileg meghatározni vérszérumban, agyfolyadékban vagy sejtlizátumban stb. akkor használja, ha azt szeretné ellenőrizni, hogy egy adott fehérje eltérően expresszálódik-e a mintákban vagy egy időbeli lefutású kísérlet során.
Mi az a Untargeted Proteomics?
A nem célzott proteomika, amint azt a neve is említi, nem egy specifikus fehérjét vagy peptidet céloz meg az elemzés során. A Discovery proteomics az Untargeted proteomics másik neve. Valójában ez egy „globálisabb” elemzés. Általában a nem célzott proteomika végrehajtása azt a választ jelenti, hogy „milyen fehérje vagy fehérjék találhatók ebben a mintában vagy több mintában?”. Ez a módszer nem érzékeny, mint a célzott proteomika. De számos fehérjét képes azonosítani és mérni, beleértve az új fehérjéket is. A nem célzott proteomika kvantitatív és minőségi méréseket is képes elérni.
Milyen hasonlóságok vannak a célzott és nem célzott proteomika között?
- Mind a célzott, mind a nem célzott proteomika méri a fehérjéket a mintákban.
- Fontosak a proteomelemzésben.
- Ezek a módszerek tömegspektrometriát használnak.
Mi a különbség a célzott és nem célzott proteomika között?
Először is, a célzott proteomika egy adott fehérje vagy peptid jelenlétének és mennyiségének meghatározása fehérjék komplex keverékében. Ezzel szemben a nem célzott proteomika a mintában vagy mintákban jelenlévő fehérjék mennyiségi és minőségi vizsgálata anélkül, hogy egy adott fehérjét megcéloznánk. A célzott proteomikát előre kiválasztott vagy célzott fehérjékkel végezzük, míg a nem célzott proteomikát annak érdekében, hogy megtudjuk, milyen típusú fehérjék vannak ebben a mintában. Ráadásul a célzott proteomika érzékenyebb, mint a nem célzott proteomika.
Összefoglaló – Célzott vs nem célzott proteomika
Összefoglalva, a célzott és a nem célzott proteomika a fehérjevizsgálatok két típusa. Ahogy a nevük is sugallja, a célzott proteomika egy specifikus fehérjét céloz meg, míg a nem célzott proteomika nem egy specifikus fehérjét. Ez a különbség a célzott és a nem célzott proteomika között.
