Kiemelt különbség – Exome vs RNS szekvenálás
A nukleinsavszekvenálás az a technika, amely meghatározza a nukleotidok sorrendjét egy szervezet DNS- vagy RNS-részletében. A szekvenálás fontos a sejt DNS- és RNS-összetételének azonosításában, valamint bizonyos, funkcionális fehérjéket kódoló gének megkülönböztetésében; így a szekvenálás felhasználható e gének mutációinak és génexpresszióinak megértésére. A Sanger szekvenálási módszer vagy a fejlettebb következő generációs szekvenálási módszerek azok a szekvenálási módszerek, amelyeket gyakran használnak. Az exome szekvenálás a szervezetben jelen lévő exonok vagy kódoló DNS-régiók teljes készletének szekvenálása, míg az RNS-szekvenálás a ribonukleinsavak (RNS) szekvenálási eljárása. Ez a legfontosabb különbség az exome és az RNS szekvenálás között.
Mi az Exome szekvenálás?
Az Exome a genom egy részhalmaza, amely egy adott organizmus kódoló génjeiből áll. A kódoló géneket exonoknak nevezik, és mRNS-sé íródnak át, majd aminosavszekvenciákká fordítják le. A poszttranszkripciós módosítások során az eukarióták RNS-splicing mechanizmusa eltávolítja az intronokat (nem kódoló régiókat), és az exonok megmaradnak. Két fő technika létezik az exome szekvenálásra: megoldás alapú és tömb alapú.
Az oldat alapú exome szekvenálás során a DNS-mintákat restrikciós enzimekkel vagy mechanikai módszerrel fragmentálják, és hővel denaturálják. Ebben a technikában biotinilált oligonukleotid próbákat (csalikokat) használnak a genom célrégióival való szelektív hibridizációhoz. A kötési lépéshez mágneses streptavidin gyöngyöket használnak. A kötődést egy mosási lépés követi, ahol a nem kötött és nem célzott szekvenciákat lemossák. A megkötött célpontokat ezután polimeráz láncreakcióval (PCR) amplifikálják, majd Sanger szekvenálási vagy következő generációs szekvenálási technikákkal szekvenálják.
01. ábra: Exome szekvenálás
A tömb alapú módszer szintén hasonló az oldat alapú módszerhez, azzal a különbséggel, hogy a DNS-fragmenseket egy mikrotömbbe rögzítik, majd a kötődés és a mosás lépései következnek a szekvenálás előtt.
Az exome szekvenálást számos alkalmazásban használják, például betegségek genetikai diagnosztizálásában, génterápiában, új genetikai markerek azonosításában, a mezőgazdaságban különféle előnyös agronómiai tulajdonságok azonosítására és növénynemesítési eljárásokban.
Mi az az RNS-szekvenálás?
RNS-szekvenálás a transzkriptomon alapul, amely a sejt teljes átirata. Az RNS-szekvenálás legfontosabb célja a transzkriptum összes fajának katalogizálása, beleértve az mRNS-t, a nem kódoló RNS-t és a kis RNS-t, a gének transzkripciós szerkezetének meghatározása és az egyes transzkriptumok expressziós szintjének számszerűsítése a fejlesztés során. Az RNS-szekvenálás során kezdetben hibridizációs technológiákat (amelyek érett mRNS-szekvenciákból származó komplementer DNS-ek voltak) alkalmaztak a szekvenáláshoz. Jelenleg az RNS-szekvenáláshoz pontosabb és fejlettebb átviteli technikát alkalmaznak.
02. ábra: RNS-szekvenálás
Az RNS-szekvenálás során egy RNS-mintát, amely lehet teljes RNS vagy frakcionált RNS, komplementer DNS-é (cDNS-é) alakítanak át reverz transzkripció segítségével, és cDNS-könyvtárat készítenek. Mindegyik cDNS-fragmens mindkét oldalon (párvégi szekvenálás) vagy az egyik oldalon (egyvégű szekvenálás) adapterekhez kapcsolódik. Ezeket a címkézett szekvenciákat Sanger szekvenálás vagy következő generáció, például exome szekvenálás segítségével szekvenálják.
Milyen hasonlóságok vannak az Exome és az RNS-szekvenálás között?
- Rövid kiválasztott fragmentumok vagy a teljes DNS/RNS készlet felhasználható Exome vagy RNS szekvenáláshoz.
- A szekvenciális töredékeket a rendszer megőrzi a könyvtárakban.
- Sanger szekvenálás vagy Next Generation szekvenálás használható.
- Mindkettő in vitro szekvenálási módszer.
- A szekvenciális fragmentumok fluoreszcens címkékkel határozhatók meg.
Mi a különbség az Exome és az RNS-szekvenálás között?
Exome vs RNS szekvenálás |
|
| Az exóma szekvenálása a szervezetben jelenlévő exonok vagy kódoló DNS-régiók teljes készletének szekvenálása. | RNS-szekvenálás a ribonukleinsavak (RNS) szekvenálási eljárására vonatkozik; az átirat. |
| Kezdő minta | |
| A genomi DNS az exome szekvenálás kiinduló mintája. | RNS az RNS-szekvenálás kiinduló mintája. |
| Összetétel | |
| Ez a teljes DNS-nek csak az Exonok néven ismert kódoló régióit tartalmazza | Ez RNS-mRNS-t/transzkriptumot tartalmaz. |
| Sekvencia | |
| Két fő módszer létezik az exome szekvenálásra; megoldás alapú és tömb alapú technológiák. | RNS-szekvenálást egy cDNS-könyvtár elkészítésével végezzük, a teljes RNS vagy a fragmentált RNS extrakciójával. |
Összefoglaló – Exome vs RNS szekvenálás
Az Exome egy szervezet kódoló régióinak teljes készlete, és az Exome pontos nukleotidsorrendjének meghatározásában részt vevő technikákat exome szekvenálásnak nevezik. Az RNS-szekvenálás az a technika, amely egy szervezet RNS-ének nukleotidsorrendjének meghatározásában vesz részt. Ez a különbség az exome és az RNS szekvenálás között.
Az Exome vs RNA Sequencing PDF verziójának letöltése
Letöltheti ennek a cikknek a PDF-verzióját, és offline célokra használhatja az idézet jegyzetének megfelelően. Kérjük, töltse le a PDF verziót innen: Különbség az Exome és az RNS-szekvenálás között
