A legfontosabb különbség az LTR és a nem LTR retrotranszpozonok között az, hogy az LTR retrotranszpozonok olyan típusú retrotranszpozonok, amelyek szerkezetében hosszú terminális ismétlődések vannak, míg a nem LTR retrotranszpozonok olyan retrotranszpozonok, amelyeknek nincs hosszú terminális ismétlődése. szerkezetükben.
A retrotranszpozonok (I. osztályú transzponálható elemek vagy RNS intermediereken keresztül transzpozonok) olyan genetikai komponensek, amelyek képesek másolni és beilleszteni magukat különböző genomiális helyekre. Ezt úgy hajtják végre, hogy egy RNS-transzpozíciós intermedier segítségével reverz transzkripciónak nevezett folyamaton keresztül az RNS-t DNS-vé alakítják vissza. A retrotranszpozonoknak két fő típusa van: LTR és nem LTR retrotranszpozon
Mik azok az LTR retrotranszpozonok?
Az LTR retrotranszpozonok olyan retrotranszpozonok, amelyek szerkezetében hosszú terminális ismétlődések vannak. Az ismétlődő DNS hosszú szálai megtalálhatók az LTR retrotranszpozon mindkét végén. Ezeket hosszú terminális ismétléseknek (LTR) nevezik. Mindegyik LTR néhány száz bázispár hosszú. Az LTR retrotranszpozonok általában 5 kilobázisnál hosszabbak. Ezen túlmenően a hosszú terminális ismétlődések között vannak olyan gének, amelyek ekvivalensek a retrovírus gag és pol génjeivel. Ezek a gének átfedik egymást, így olyan proteázt kódolnak, amely normális esetben a kapott transzkriptumot funkcionális géntermékekké dolgozza fel.
01. ábra: LTR retrotranszpozonok
A retrotranszpozonok Gag génje olyan terméket hoz létre, amely más retrotranszpozon transzkriptumokkal asszociálva vírusszerű részecskéket képez. A Pol gén olyan termékeket készít, amelyek olyan enzimeket tartalmaznak, mint a reverz transzkriptáz, integráz és ribonukleáz H domének. A reverz transzkriptáz enzim végzi a retrotranszpozon DNS reverz transzkripcióját. Az integráz enzim a retrotranszpozon DNS-t integrálja az eukarióta genom DNS-ébe. A ribonukleáz H domének hasznosak az RNS intermedierek közötti foszfodiészter kötések hasításában. Az LTR retrotranszpozonok tRNS-kötőhelyekkel rendelkező transzkriptumokat is kódolnak, így viszonylag könnyen reverz transzkripción mennek keresztül. Továbbá, mivel a retrotranszpozon eukarióta genominformációkat tartalmaz, saját másolatait be tudja illeszteni az eukarióta sejten belüli más genomi helyekre.
Mik azok a nem LTR retrotranszpozonok?
A nem LTR retrotranszpozonok olyan retrotranszpozonok, amelyek szerkezetében nincs hosszú terminális ismétlés. Az LTR retrotranszpozonokhoz hasonlóan a nem LTR retrotranszpozonok is tartalmaznak reverz transzkriptáz, RNS-kötő fehérje, nukleáz és néha ribonukleáz H domének génjeit. De hiányoznak belőlük a hosszú terminális ismétlések; ehelyett rövid ismétléseik vannak, amelyekben az alapok fordított sorrendje is lehet egymás mellett. Az RNS-kötő fehérjék az RNS-transzpozíciós intermedierhez kötődnek, a nukleázok pedig megbontják a foszfodiészter kötéseket a nukleinsavak nukleotidjai között.
02. ábra: LTR és nem LTR retrotranszpozonok
Bár retrotranszpozonok, nem tudnak reverz transzkripciót végrehajtani RNS intermedier használatával ugyanúgy, mint az LTR retrotranszpozonok. Ennek az az oka, hogy a nem LTR retrotranszpozonok nem tartalmaznak tRNS-t kötő szekvenciákat. Ennélfogva egy nem LTR retrotranszpozon, amely mRNS-be íródik át és fehérjékké transzlálódik, reverz transzkriptázként működik. A reverz transzkriptáz DNS-másolatot készít a nem LTR retrotranszpozon RNS-éből, amely egy új helyen integrálható a genomba. Ezenkívül a nem LTR retrotranszpozonok két típusra oszthatók: LINE-ekre (hosszú közbeiktatott nukleáris elemek) és SINE-ekre (rövid közbeiktatott nukleáris elemek).
Mi a hasonlóság az LTR és a nem LTR retrotranszpozonok között?
- LTR és nem LTR retrotranszpozonok a retrotranszpozonok két fő típusa.
- Mindkét típus olyan enzimek génjeit tartalmazza, mint a reverz transzkriptáz, RNS-kötő fehérje, nukleáz és ribonukleáz H domén.
- Megtalálhatók az emberi genomban.
- Mindkét típus evolúciós szempontból fontos.
Mi a különbség az LTR és a nem LTR retrotranszpozonok között?
LTR retrotranszpozonok szerkezetében hosszú terminális ismétlődések vannak, míg a nem LTR retrotranszpozonok szerkezetében hiányoznak a hosszú terminális ismétlődések. Így ez a legfontosabb különbség az LTR és a nem LTR retrotranszpozonok között. Ezenkívül az LTR retrotranszpozonok hosszú közvetlen ismétlődésekkel rendelkeznek, amelyek csak egy bázissorozat, amely ismétli önmagát. Másrészt a nem LTR retrotranszpozonok rövid ismétlődésekkel rendelkeznek, amelyekben az egymás melletti bázisok fordított sorrendje is lehet.
Az alábbi infografika táblázatos formában mutatja be az LTR és a nem LTR retrotranszpozonok közötti különbségeket egymás melletti összehasonlítás céljából.
Összefoglaló – LTR vs nem LTR retrotranszpozonok
LTR és nem LTR retrotranszpozonok a retrotranszpozonok két fő típusa. Az LTR retrotranszpozonok szerkezetében hosszú terminális ismétlődések vannak, míg a nem LTR retrotranszpozonok szerkezetében nincs hosszú terminális ismétlődés. Tehát ez a legfontosabb különbség az LTR és a nem LTR retrotranszpozonok között.
