A legfontosabb különbség a hélix-hurok-hélix és a hélix-fordulat-hélix között az, hogy a hélix-hurok-hélix a fehérje dimerizációját közvetíti, míg a hélix-fordulat-hélix a DNS-kötésen keresztül szabályozza a génexpressziót.
A fehérje motívum egy rövid ideig konzervált szekvencia, amely a DNS különböző funkcióihoz kapcsolódik. Főleg egy különleges szerkezeti helyhez kötődik, amely egyedi kémiai vagy biológiai funkcióval rendelkezik. Ezek a motívumok különböző fehérjemolekulákkal rendelkező aminosavak háromdimenziós szerkezeteinek kis régióit tartalmazzák. Az egyes motívumok általában csak néhány elemet tartalmaznak. Helix-loop-helix és helix-turn-helix három elemet tartalmaz. Fehérjeszerkezeti motívumaik különböző hosszúságú és nem meghatározott szerkezetű hurkokat tartalmaznak.
Mi az a Helix-Loop-Helix?
A helix-loop-helix (HLH) egy fehérje szerkezeti motívuma, amely a dimerizáló transzkripciós faktorok egyik legnagyobb családját határozza meg. Ezek a transzkripciós faktorok aminosav-maradékokat tartalmaznak, hogy megkönnyítsék a DNS-kötő mechanizmust, és dimerek. A fehérje szerkezeti motívuma két α-hélixet tartalmaz, amelyeket hurok köt össze. Az egyik spirál kisebbnek tűnik a két hélix közül, és a hurok rugalmassága lehetővé teszi a dimerizációt egy másik spirálhoz való tömörítéssel és hajtogatással. A nagyobbnak tűnő hélix általában tartalmaz DNS-kötő régiókat. A HLH fehérjék egy konszenzus szekvenciához kötődnek, amely E-box néven ismert. A konszenzus szekvencia egy számított sorrend, amely nukleotid- vagy aminosavmaradékokat tartalmaz. Az E-box egyes eukarióták DNS-ére reagáló elem, amely fehérjekötő helyként működik, és szabályozza a génexpressziót.
01. ábra: Helix-hurok-spirál motívum
A HLH transzkripciós faktorok nélkülözhetetlenek a fejlődéshez és a sejtaktivitáshoz. A HLH fehérjék főként hat csoportba tartoznak, amelyeket A-tól F-ig jelölünk. Az egyes csoportokban szereplő transzkripciós faktorok a következők:
A csoport: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD és Neurogenins, B csoport: MAX, C-Myc, N-Myc és TCF4
C csoport: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 és MOP5
D csoport; EMC
E csoport: HEY1 és HEY2
F csoport: EBF1
Mivel a HLH legtöbb transzkripciós faktora heterodimer, a dimerizáció gyakran szabályozza őket.
Mi az a Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) egy fehérje szerkezeti motívuma, amely képes megkötni a DNS-t. Mindegyik monomer két α-hélixből áll, és egy rövid aminosavszál köti össze őket. Ez egy barázdához kötődik a DNS-spirálban. A HTH motívumok általában szabályozzák a génexpressziót. A HTH felismerését és a DNS-hez való kötését két α-hélix végzi. Az egyik hélix az N-terminális végét foglalja el, míg a másik a C-terminálist. A legtöbb esetben a hélix végzi el a DNS felismerését. Ezért ez a felismerési hélix néven ismert. A DNS barázdájához való kötődés Van der Waals kölcsönhatások sorozatán és hidrogénkötéseken keresztül megy végbe, ahol a bázisok szabaddá válnak. A másik α-hélix stabilizálja a fehérje és DNS kölcsönhatást, és nem játszik jelentős szerepet a felismerésben. A felismerési hélix és a fennmaradó spirál azonban hasonló tájolású.
02. ábra: A TetR család csavarmenet-hélixje
A HTH osztályozása a hélixek szerkezete és térbeli elrendezése szerint történik. A fő típusok a di-helikális, tri-helikális, tetra-helikális és a szárnyas HTH. A di-helikális típus a legegyszerűbb típus, két hélixszel és egy független folding protein doménnel. A trihelikális típus a Myb transzkripciós aktivátorban található. A tetrahelikális típusnak van egy extra C-terminális hélixe. Végül a szárnyas HTH-t 3 spirális köteg és 3 vagy 4 szálú béta lap alkotja.
Mi a hasonlóság a Helix-Loop-Helix és a Helix-Turn-Helix között?
- Helix-hurok-hélix és helix-turn-helix fehérjeszerkezeti motívumok.
- Mindkettő tartalmaz egy közös nevezőt az alap- és a specifikus transzkripciós faktorokban.
- Az eukariótákban jelen vannak.
Mi a különbség a Helix-Loop-Helix és a Helix-Turn-Helix között?
Helix-loop-helix a fehérje dimerizációját közvetíti, míg a helix-turn-helix a DNS-kötésen keresztül szabályozza a génexpressziót. Így ez a legfontosabb különbség a helix-loop-helix és a helix-turn-helix között. Emellett a HLH tartalmaz bizonyos proto-onkogéneket és a differenciálódásban részt vevő géneket, amelyek transzkripciós faktorokat kódolnak, míg a HTH számos homeotikus gént tartalmaz, amelyek transzkripciós faktorokat kódolnak. Ezenkívül a hélix-hurok-hélix főként egy hurokkal összekapcsolt alfa-hélixekből áll, míg a hélix-fordulóspirál főleg hurkokból áll, amelyeket egy rövid aminosavállvány köt össze, és hornyot alkot.
Az alábbi infografika táblázatos formában mutatja be a helix-loop-helix és a helix-turn-helix közötti különbségeket egymás melletti összehasonlítás céljából.
Összefoglaló – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
A fehérje motívum egy rövid ideig konzervált szekvencia, amely a DNS különböző funkcióihoz kapcsolódik. A Helix-loop-helix és a helix-turn-helix kétféle fehérje szerkezeti motívum. A hélix-hurok-hélix és a helix-turn-hélix közötti legfontosabb különbség az, hogy a helix-hurok-hélix a fehérje dimerizációját közvetíti, míg a helix-turn-helix a DNS-kötésen keresztül szabályozza a génexpressziót. A HLH egy fehérje szerkezeti motívum, amely a dimerizáló transzkripciós faktorok egyik legnagyobb családját határozza meg. A fehérje szerkezeti motívuma két α-hélixet tartalmaz, amelyeket hurok köt össze. A HTH egy fehérje szerkezeti motívuma, amely képes megkötni a DNS-t. Mindegyik monomer két α-hélixből áll, amelyekhez egy rövid aminosavszál kapcsolódik, és a DNS-hélix egy barázdájához kötődik. Tehát ez összefoglalja a helix-hurok-hélix és a helix-turn-helix közötti különbséget.
