A legfontosabb különbség a nanopórusos és az illumina szekvenálás között az, hogy a nanopórusos szekvenálás egy harmadik generációs szekvenálási technika, amely nanopórust használ a DNS-molekula szekvenciájának kimutatására, míg az illumina szekvenálás egy második generációs szekvenálási technika, amely reverzibilis szekvenálást használ. festékterminátor technológia a DNS-molekula szekvenciájának kimutatására.
A DNS-szekvenálás egy DNS-molekula pontos nukleotid- vagy bázisszekvenciájának meghatározása. Számos gyors módszer létezik a nukleinsavszekvenciák meghatározására, amelyek felgyorsítják a biológiai és orvosi kutatások felfedezését. Az egyik első DNS-szekvenálási technikát (Sanger-szekvenálás) Frederick Sanger fejlesztette ki 1975-ben a primer kiterjesztési stratégiával az MRC Központban, Cambridge-ben, Egyesült Királyságban. Manapság a gyors DNS-szekvenálási technikák többsége a második generációs (következő generációs) és a harmadik generációs DNS-szekvenálási kategóriákba tartozik. A nanopórus és az illumina szekvenálás két ilyen új DNS technológia.
Mi az a nanopórusos szekvenálás?
A nanopórusos szekvenálás egy harmadik generációs szekvenálási technika, amely egy fehérje nanopórust használ a DNS-molekula nukleinsavszekvenciájának kimutatására. A nanopórusos szekvenálás során a nanopóruson áthaladó DNS megváltoztatja az áramát. Ez a változás a DNS-szekvencia alakjától, méretétől és hosszától függ. A kapott jelet dekódolják, hogy megkapják a specifikus DNS- vagy RNS-szekvenciát. Ez a módszer nem igényel módosított nukleotidokat, és valós időben működik.
01. ábra: Nanopórus szekvenálás
Az Oxford Nanopore Technologies egy népszerű vállalat, amely számos nanopórusos szekvenáló eszközt gyárt. Az Oxford Nanopore szekvenáló eszközök többsége áramlási cellákkal rendelkezik. Ez az áramlási cella számos apró nanopórust tartalmaz, amelyek elektromosan ellenálló membránba vannak ágyazva. Minden nanopórus a saját elektródájának felel meg. Ez az elektróda egy csatornához és egy érzékelő chiphez csatlakozik. Ez az elektróda méri a nanopóruson átfolyó elektromos áramot. Amikor egy molekula áthalad egy nanopóruson, az árama megváltozik vagy megszakad. Ezen túlmenően ez a megszakítás jellegzetes kancsalságot okoz. Ezt a squiggle-t ezután a rendszer dekódolja, hogy valós időben meghatározza a DNS- vagy RNS-szekvenciát.
Mi az az Illumina Sequencing?
Az illumina szekvenálás egy második generációs szekvenálási technika, amely reverzibilis festékterminátor technológiát használ a DNS-molekulák szekvenciájának kimutatására. A Solexa céget, amely ma az Illumina cég része, 1998-ban alapították. Ez a cég találta ki ezt a szekvenálási módszert, amely reverzibilis festékterminátorok technológiáján és mérnöki polimerázokon alapul.
02. ábra: Illumina szekvenálás
Az illumina szekvenálási módszerben a mintát először rövid szakaszokra hasítják. Ezért az illumina szekvenálásnál az elején 100-150 bp-os rövid leolvasások vagy töredékek jönnek létre. Ezeket a fragmentumokat azután általános adapterekhez ligáljuk, és tárgylemezre illesztjük. PCR-t végzünk az egyes fragmensek amplifikálására. Ez egy foltot hoz létre ugyanannak a töredéknek több másolatával. Később egyszálúvá válnak, és szekvenálásnak vetik alá. A szekvenáló tárgylemez fluoreszcensen jelölt nukleotidokat, DNS-polimerázt és terminátort tartalmaz. A terminátor miatt egyszerre csak egy alapot ad hozzá. Minden cikluslezáró eltávolításra kerül, és lehetővé teszi a következő bázis hozzáadását a webhelyhez. Továbbá a fluoreszcens jelek alapján a számítógép minden ciklusban észleli a hozzáadott bázist. Az Illumina szekvenálási technológia 4-56 órán belül elkészíti a szekvenciát.
Milyen hasonlóságok vannak a Nanopore és az Illumina szekvenálás között?
- A nanopórus és az illumina szekvenálás két szekvenálási technika.
- Mindkettő gyors és új szekvenálási módszer.
- DNS- és RNS-szekvenciák kimutatására használják.
- Mindkettő nagy pontosságú.
Mi a különbség a Nanopore és az Illumina szekvenálás között?
A nanopórusos szekvenálás egy harmadik generációs szekvenálási technika, amely nanopórust használ a DNS-molekulák szekvenciájának kimutatására. Ezzel szemben az illumina szekvenálás egy második generációs szekvenálási technika, amely reverzibilis festékterminátor technológiát használ a DNS-molekulák szekvenciájának kimutatására. o, ez a legfontosabb különbség a nanopórus és az illumina szekvenálás között. Ráadásul a nanopórusos szekvenálás 92-97%-os, míg az illumina szekvenálás 99%-os pontosságú.
A következő infografika táblázatos formában felsorolja a nanopórus és az illumina szekvenálás közötti különbségeket.
Összefoglaló – Nanopore vs Illumina Sequencing
A nagy áteresztőképességű szekvenálási technikák közé tartoznak a második generációs (rövid olvasás) és a harmadik generációs (hosszú olvasású) szekvenálási módszerek. A nanopórus és az illumina szekvenálás két új DNS technológia, amelyek a harmadik generációs és a második generációs (következő generációs) DNS szekvenálási kategóriákba tartoznak. A nanopórusos szekvenálás nanopórust használ a DNS-molekulák szekvenciájának kimutatására. Másrészt az illumina szekvenálás reverzibilis festékterminátor technológiát használ a DNS-molekulák szekvenciájának kimutatására. Így ez a nanopórus és az illumina szekvenálás közötti különbség összefoglalása.
