A fő különbség a kontig és az állvány között az, hogy a kontignak nincsenek hézagai, míg az állványnak kontigból és résekből áll.
A többsejtű élőlények genomszekvenálása nagyon nehéz az egysejtűek szekvenálásához képest. A teljes genomot tartalmazó shotgun szekvenálás egy egyszerű és gyors genomszekvenálási technika többsejtű genomok számára. Ez egy olyan módszer, amely számos átfedő DNS-fragmenst párhuzamosan szekvenál. Ennél a módszernél a kis töredékeket nagyobb töredékekké, majd számítógép segítségével nagyobb kontigokká állítják össze. Ezután a kontigokat állványokká és végül kromoszómává állítják össze. Ezért a contig nukleotidszekvenciák folyamatos szakasza, míg az állvány a genom egy része, amely kontigokból és résekből áll. Mind a kontig, mind a scaffold rekonstruált genomiális szekvenciák.
Mi az a Contig?
A Contig egy genomiális szekvencia. Ez A, C, G és T bázisokból álló szekvenciák folyamatos szakasza. Úgy jön létre, hogy a DNS több kis átfedő bitjét hosszabb szekvenciává rakják össze. Egyszerű szavakkal, a contig szekvencia-fragmensek halmaza. A kontig létrehozása magában foglalja az átfedő szekvencia-fragmensek azonosítását helyi karakterlánc-illesztési és -illesztési módszerek alapján, amelyek azonosítják a szekvenciák átfedő végeit.
A kontigek nem tartalmaznak hézagokat. Ez egy állvány része. A kontigokat összeláncolják az állvány létrehozásakor. További információkra van szükség a genomban lévő kontigek relatív helyzetéről és orientációjáról. A rések egy állványban kontigókat választanak el egymástól. Alapvetően a kontig-összeállítás egy fontos lépés a teljes genom sörétes szekvenálásában. A kontigokat végül egy teljes genomiális szekvenciává állítják össze. A kontig-összeállítás általában megköveteli a karakterlánc-illesztés és a sorozat-illesztés algoritmusainak megértését.
Mi az állvány?
A scaffold egy rekonstruált genomi szekvencia végszekvenált teljes genomot tartalmazó shotgun klónokból. Szerkezetileg egy állvány kontigokból és résekből áll. Ezért az állványok úgy jönnek létre, hogy a kontigeket összeláncolják és hézagokkal elválasztják. Az állványok létrehozásához információra van szükség a genomban lévő kontigek relatív helyzetéről és orientációjáról. A teljes genomot tartalmazó sörétes összeállítás célja, hogy minden genomi szekvenciát egyetlen állványban reprezentáljon. De ez nem egészen lehetséges. Ezért egy kromoszómát több állvány is képviselhet. Néha az állványok átfedhetik egymást. Ezenkívül egyes állványok kiszűrhetők az összeszerelés során.
02. ábra: A teljes genomot tartalmazó sörétes összeállítás áttekintése
Az állványhézag hossza nem mutatja a valódi hosszát. Általában a hézagokat önkényesen állítják be bizonyos rögzített hosszúságokra. Ennélfogva ezek a hiányosságok és hosszukban fennálló bizonytalanságok problémákat okoznak a genomokban lévő funkcionális elemek valódi térbeli kapcsolatainak és a hiányzó információk tényleges mértékének megértésében. Néha a hiányosságok hiányzó genomikai információkat jelentenek.
Mi a hasonlóság a Contig és az Scaffold között?
- A Contig és a scaffold nukleotidszekvenciákból álló genomi szekvenciák.
- Az állványok kontigokból és résekből állnak.
Mi a különbség a Contig és az Scaffold között?
A kontig egy folyamatos szekvencia, amelyet szekvencia-fragmensek halmazából állítanak össze. Ezzel szemben az állvány a genomi szekvencia egy része, amelyet a kontigek összeláncolásával rekonstruáltak. Tehát ez a legfontosabb különbség a kontig és az állvány között. Sőt, a kontigeknek nincsenek hézagai, míg az állványban lévő kontigeket rések választják el.
Az alábbi infografika további különbségeket mutat be a kontig és az állvány között.
Összefoglaló – Contig vs Scaffold
Mind a kontig, mind a scaffold rekonstruált nukleotidszekvenciák a teljes genom szekvenálási projektekben. A Contig egy folyamatos genomi szekvencia, amely A, C, G és T bázisokat tartalmaz hézagok nélkül. Az állvány egy genomi szekvencia, amely kontigokból és hézagokból áll. Ennélfogva a legrövidebb összeállítási alkatrészek kontigok, míg az állványok kontigumok együttesei. Végül az állványokat kromoszómákká állítják össze teljes genom szekvenálás során. Így ez összefoglalja a kontig és az állvány közötti különbséget.
