A legfontosabb különbség a hierarchikus és a teljes genom sörétes szekvenálás között az, hogy a hierarchikus sörétes szekvenálásnál a genomot nagyobb darabokra bontják a szekvenálás előtt, míg a teljes genom sörétes szekvenálásnál a teljes genomot apró töredékekre bontják a szekvenáláshoz..
A szekvenálás fontos technika a molekuláris folyamatokban, különösen a fajok pontos azonosításában. Valójában ez a technika a nukleotidok pontos sorrendjének azonosítására egy génben vagy genomban. Számos technika létezik a szekvenálásra. Ezek közé tartozik a Maxam Gilbert-módszer, a Sanger-módszer és az automatizált Sanger-módszer.
Mi az a hierarchikus sörétes szekvenálás?
A hierarchikus shotgun szekvenálás a szekvenálás egyik módja. Ezt „felülről lefelé irányuló szekvenálásnak” is nevezik. Továbbá ez a módszer két lépésből áll: az első lépés a genom amplifikációja, a második lépés a genom fragmentáció. Ennél a módszernél először a genomot nagy darabokra vágják. Ezt követi ezeknek a nagy fragmentumoknak a klónozása különböző gazdaszervezetekbe vektorok vagy mesterséges kromoszómák segítségével. Ezután ezeket a rekombináns vektorokat könyvtárba rendezzük. A shotgun szekvenálás során a rekombináns vektorklónok egyenként szekvenálnak. A klónokban lévő fragmensek restrikciós emésztésen esnek át, hogy tovább csökkentsék a genom méretét, és ezáltal szekvenáláson mennek keresztül.
01. ábra: Sörétes puskák hierarchikus sorrendje
A hierarchikus sörétes szekvenálás során a töredékek nagy darabjait sorrendbe kell rendezni, a sörétes szekvenálás előtt. A klónozási folyamat során beépülő molekuláris markerek segítségével megy végbe.
A hierarchikus shotgun szekvenálás kis felbontású géntérképet hoz létre. De létrehoz egy rendezett sorozattérképet. Így ez hosszabb ideig tart, mint a közvetlen szekvenálás. Az egész folyamat késik a rekombináns vektorkönyvtár létrehozása miatt. Ez is munkaigényes technika. Jelenleg azonban a technika automatizált, hogy megkönnyítse a munkát.
Mi az a Whole Genome Shotgun Sequencing?
A teljes genom sörétes szekvenálása egylépéses szekvenálási folyamat. Ebben a folyamatban először a teljes genom nyírása megy végbe. Ezt követően ezek a kis fragmentumok véletlenszerűen szekvenálódnak. A szekvenálás befejezése után megtörténik a szekvenciaelemzés. A szekvenciaelemzés során az átfedő szekvenciák eltávolításra kerülnek, és az elemzés nem rendezett folyamat. Ezért a sorozatok összeállítása kevésbé hatékony folyamat a hierarchikus sörétes szekvenáláshoz képest. A teljes genom shotgun szekvenálási folyamata azonban gyorsabb, és a teljes genom elemzése egyetlen esetben is megtörténhet.
Milyen hasonlóságok vannak a hierarchikus és a teljes genom sörétes szekvenálás között?
- A hierarchikus és a teljes genom sörétes szekvenálása két szekvenálási megközelítés.
- Mindkettő átesik Sanger szekvenáláson vagy automatizált Sanger szekvenálási módszereken.
- Részesek a DNS- és RNS-fragmensek szekvenálásában.
- Sőt, mindkét módszer fontos a molekuláris diagnosztikában és kutatási célokra.
- Jelenleg mindkét technika automatizált vagy számítógép-alapú.
- Mindkét technika a genom töredezettségén alapul.
Mi a különbség a hierarchikus és a teljes genom szekvenálása között?
A hierarchikus sörétes szekvenálás nagyobb méretű töredékeket generál, mint a teljes genomot tartalmazó shotgun szekvenálás, amely kis szekvenciák töredékeivel működik. Tehát ez a legfontosabb különbség a hierarchikus és a teljes genom shotgun szekvenálás között. Ezenkívül a hierarchikus sörétes szekvenálás két fő lépésből áll, míg a teljes genomot átfogó sörétes szekvenálás egy fő lépésből áll.
Továbbá egy másik különbség a hierarchikus és a teljes genom sörétes szekvenálás között, hogy a felbontás nagyobb a teljes genomot tartalmazó sörétes szekvenálásnál, mint a hierarchikus sörétes szekvenálásnál.
Az alábbi infografika összefoglalja a különbséget a hierarchikus és a teljes genom sörétes szekvenálás között.
Összefoglaló – Hierarchikus vs teljes genom sörétes szekvenálás
A hierarchikus és a teljes genomra kiterjedő sörétes szekvenálás két módszer a nagy genomok szekvenálására. A hierarchikus shotgun szekvencia egy kétlépéses szekvenálási folyamat, ahol a genomot nagyobb darabokra bontják. Ezzel szemben a teljes genomra kiterjedő sörétes szekvenálás egy egylépéses szekvenálás, ahol a genomot kis fragmentekre bontják és közvetlenül szekvenálják. Így ez a legfontosabb különbség a hierarchikus és a teljes genom shotgun szekvenálás között. Ezenkívül a technikai szempontok a két technika között eltérhetnek.
