Kulcskülönbség – VNTR vs STR
A DNS-vizsgálatok rendkívül hasznosak a filogenetikai kapcsolatok megértésében és meghatározásában, a genetikai betegségek diagnosztizálásában és a szervezet genomjának feltérképezésében. Számos, a DNS-elemzéssel kapcsolatos technikát alkalmaznak egy adott gén vagy egy DNS-szekvencia azonosítására egy ismeretlen DNS-készletben. Genetikai markerekként ismertek. A genetikai markereket a molekuláris biológiában használják az egyedek és fajok közötti genetikai eltérések azonosítására. A változó számú tandem ismétlés (VNTR) és a rövid tandem ismétlés (STR) kétféle genetikai marker, amelyek polimorfizmust mutatnak az egyének között. Mindkét típus nem kódoló ismétlődő DNS, amelyek tandem ismétlődések. A kromoszómákban fejtől farokig vannak elrendezve. A VNTR a genom egy olyan szakasza, ahol a rövid nukleotidszekvencia többször ismétlődik. Az STR a DNS egy másik szakasza a genomon belül, amely ismétlődő egységekként szerveződik, amelyek százszorosan kettő-tizenhárom nukleotidból állnak. A legfontosabb különbség a VNTR és az STR között az ismétlődő szekvenciában lévő nukleotidok száma. A VNTR ismétlődő egységei 10-100 nukleotidból állnak, míg az STR ismétlődő egységei 2-13 nukleotidból állnak. A VNTR-t és az STR-t széles körben használják igazságügyi orvostani vizsgálatokban.
Mi az a VNTR?
A tandem ismétlődés egy rövid DNS-szekvencia, amely fejtől farokig ismétlődik egy adott kromoszómális lókuszban. A tandem ismétlődésen belül nincs más szekvencia vagy nukleotid. A genomban többféle tandem ismétlődés létezik. A VNTR egyfajta tandem ismétlődés, amelynek 10-100 nukleotidból álló ismétlődő egységei vannak. A VNTR egyfajta miniműhold. Ezek a tandem ismétlődések számos kromoszómában megtalálhatók. Az emberi genomban elhelyezkednek, és túlnyomórészt a kromoszómák szubtelomer régióiban helyezkednek el.
VNTR-ek tandem ismétlődő polimorfizmust mutatnak az egyének között. A VNTR hossza a kromoszóma egy adott helyén nagymértékben változó az egyének között az adott DNS-szakaszban szervezett ismétlődő egységek számának változása miatt. Ezért a VNTR hatékony eszközként használható az egyének azonosítására, és a VNTR-elemzést számos területen használják, beleértve a genetikát, a biológiai kutatást, a törvényszéki elemzést és a DNS-ujjlenyomat-lenyomatot. A VNTR-ek voltak az első genetikai markerek, amelyeket a csontvelő-transzplantáció számszerűsítésére használtak. A VNTR-ek egyben az első polimorf markerek is, amelyeket a törvényszéki DNS-profilalkotás során használtak.
01. ábra: VNTR-ek változása hat személynél
A VNTR analízist restrikciós fragmentumhosszúságú polimorfizmussal, majd Southern hibridizációval végezzük. Ezért viszonylag nagy DNS-mintára van szüksége. A VNTR profil értelmezése is problémás. E korlátozások miatt a VNTR felhasználását a törvényszéki genetikában korlátozták, és ezt az STR-analízis váltotta fel.
Mi az STR?
A STR egy erősen ismétlődő DNS-szakasz, amely két-tizenhárom nukleotid ismétlődő egységből áll, tandem módon szervezve. Az STR hasonló a VNTR-hez. De ez a VNTR-től változik az ismétlődő szekvenciában lévő nukleotidok számától és az ismétlődések számától függően. Az STR egyfajta mikroműhold.
STR elemzés, amely az ismétlődő egységek pontos számának mérésére vonatkozik. Az STR-k nagymértékben változnak az egyének között, hasonlóan a VNT-ekhez. Az STR profilok személyenként eltérőek. Ezért az STR-analízist a molekuláris biológiában használják a két vagy több mintából származó DNS specifikus lókuszainak összehasonlítására. Ezért az STR-ket erőteljes genetikai markereknek tekintik a molekuláris biológiában. Kiváló eszköz az egyének azonosítására, mivel nagyfokú polimorfizmusuk és viszonylag rövid hosszuk.
Jelenleg az STR-k a leggyakrabban használt elemzett genetikai polimorfizmus eszközei a törvényszéki genetikában. A legtöbb igazságügyi esettanulmány STR polimorf elemzést tartalmaz. Az STR lókuszok az egész genomban elterjedtek. A kromoszómákban több ezer STR található, amelyek felhasználhatók a törvényszéki elemzésben. Az STR analízis nem tartalmaz restrikciós hosszúságú polimorfizmust, mint például a VNTR analízis. Az STR-analízis nem vágja le a DNS-t restrikciós enzimekkel. Specifikus próbákat használnak a DNS kívánt régióinak rögzítésére, és PCR technikával meghatározzák az STR hosszát.
02. ábra: STR variáció a minták között
Mi a hasonlóság a VNTR és az STR között?
- VNTR és STR nem kódoló DNS.
- Mindkettő tandem ismétlés.
- Mindkettő polimorfizmust mutat az egyedek között a DNS-szakasz hosszának különbsége miatt.
- Mindkettőt erőteljes genetikai markerként használják a DNS-ujjlenyomat-nyomtatásban és a törvényszéki vizsgálatokban.
Mi a különbség a VNTR és az STR között?
VNTR vs STR |
|
| A VNTR egy nem kódoló, ismétlődő DNS, amelynek rövid nukleotidszekvenciája tandem módon ismétlődik. | A STR egy erősen ismétlődő DNS-szakasz, amely két-tizenhárom nukleotid ismétlődő egységből áll, tandem módon szervezve. |
| Méret | |
| VNTR-k nagyobbak, mint STR-ek. | STR-k kisebbek, mint VNTR-k. |
| Nukleotidok száma ismétlődő szekvenciában | |
| A VNTR ismétlődő egysége 10-100 nukleotidból áll. | Az STR ismétlődő egysége 2-13 nukleotidból áll. |
Összefoglaló – VNTR vs STR
A VNTR és STR két erőteljes genetikai marker, amelyet a molekuláris biológiában használnak, különösen a törvényszéki genetika területén. A VNTR egyfajta miniműhold, az STR pedig egy mikroműhold. A VNTR és az STR nem kódoló, erősen ismétlődő DNS. Ezek tandem ismétlések. A VNTR és az STR általános felépítése megegyezik. Az ismétlődő szekvenciában lévő nukleotidok száma és hossza azonban eltérő. A VNTR ismétlődő szekvenciái 10-100 nukleotidból állnak. Az STR 2-13 nukleotidból álló ismétlődő szekvenciákkal rendelkezik. Ez a különbség a VNTR és az STR között.
A VNTR vs STR PDF-verziójának letöltése
Letöltheti ennek a cikknek a PDF-verzióját, és offline célokra használhatja az idézet megjegyzései szerint. Kérjük, töltse le a PDF verziót innen. Különbség a VNTR és az STR között.
