Kiemelt különbség – Exome vs Transcriptome
Egy gén kódoló és nem kódoló régiókat tartalmaz. A kódoló szekvenciák exonok, a nem kódoló szekvenciák pedig intronok. Egy gén exonjainak nukleotidszekvenciája a gén genetikai kódját jelenti a specifikus fehérje szintéziséhez. Ezért az exonok az mRNS-molekulában maradnak. A genom teljes exon régióját exome néven ismerjük, és ez a genom fontos része. A gének genetikai kódja az mRNS-molekula genetikai kódjává alakul, amely a fehérjetermeléshez szükséges. A sejtben vagy egy sejtpopulációban egy időben átírt teljes mRNS-molekulát transzkriptomnak nevezzük. A legfontosabb különbség az exóm és a transzkriptom között az, hogy az exome a genom exon régióinak szekvenciáját, míg a transzkriptom egy sejt vagy egy szövet teljes mRNS-ét képviseli egy adott időpontban.
Mi az Exome?
A gének exonokból, intronokból és szabályozó szekvenciákból állnak. Az exonok azok a génrégiók, amelyek a transzkripció során mRNS-szekvenciává íródnak át. Az intronok és más nem kódoló régiók eltávolításra kerülnek a transzkripció során. Az exonok nukleotidszekvenciája határozza meg annak a génnek a genetikai kódját, amely az általa kódolt specifikus fehérjét szintetizálja. A fehérjék mRNS-ében csak exonok maradnak. A genomban lévő exonok gyűjteményét egy organizmus exomjának nevezik. A genom egy részét képviseli, amely génekben fejeződik ki. Emberben az exome a genom 1%-át teszi ki. Ez az emberi genom fehérjét kódoló része.
01. ábra: Exome
Mi az a Transcriptome?
A transzkriptom az összes fehérjét kódoló és nem kódoló transzkriptum (RNS) gyűjteménye egy adott szövetben. A transzkriptom a gének által expresszált teljes mRNS-molekulák gyűjteménye egy sejtben vagy szövetben. Egy sejt transzkriptumát egy másik sejttípus transzkriptumával lehet variálni. A transzkriptom szintén dinamikus – idővel változik, mind a belső, mind a külső ingerekre reagálva. Még ugyanazon a szöveten vagy ugyanazon sejttípuson belül is a transzkriptum néhány perc múlva megváltozhat.
A transzkriptum különbözik egy szervezet exomájától. A transzkriptom csak az expresszált exome szekvenciákat tartalmazza. Bár egy sejt exomája változatlan marad, a transzkriptom különbözik a sejtek között, mivel a génexpresszió nem azonos minden sejtben vagy szövetben. Csak az esszenciális gének expresszálódnak különböző sejtekben és szövetekben. A génexpresszió egy szövet- vagy sejttípus-specifikus folyamat. Számos tényező szabályozza, beleértve a környezeti tényezőket is. Ezért a transzkriptom a külső környezeti feltételektől függően változhat.
A transzkriptumot a proteomikai vizsgálatok előfutáraként használják. Minden fehérje mRNS-szekvenciából származik. A transzlációs módosítások változásokat eredményezhetnek a fehérjékben. A transzkriptum azonban fontos alapinformációkat nyújt a proteomikai vizsgálatokhoz.
02. ábra: Az embrionális őssejtek átirata
Mi a különbség az Exome és a Transcriptome között?
Exome vs Transcriptome |
|
| Az Exome a gének fehérjét kódoló régióinak gyűjteménye. | A transzkriptum az összes átírt RNS gyűjteménye, beleértve az mRNS-t is. |
| Minta | |
| Az Exome-ot DNS-mintával tanulmányozzuk. | A transzkriptumot RNS-mintával tanulmányozzuk. |
| Tanulmányi módszer | |
| A teljes exome szekvenálás az exome tanulmányozásának módszere. | RNS-szekvenálás a transzkriptom tanulmányozásának módszere. |
Összefoglaló – Exome vs Transcriptome
Az exonok a gének kódoló szekvenciái, és meghatározzák a fehérjék mRNS-szekvenciáját. Ezeknek a kódoló szekvenciáknak (exonoknak) a gyűjteménye egy organizmus exomejaként ismert. A géneket mRNS-molekulákká írják át a fehérjék előállítása előtt. Egy sejt vagy szövet teljes mRNS-molekuláját bármely adott időpontban transzkriptomnak nevezzük. A transzkriptom azokat a géneket képviseli, amelyek bármely adott időpontban aktívan expresszálódnak mRNS-ben. A transzkriptom sejt- és szövetspecifikus, és hatással van a környezeti feltételekre. Ez a különbség az exome és a transzkriptum között.
