A legfontosabb különbség a random primerek és az oligo dT között az, hogy a random primer az összes lehetséges hexamer oligonukleotid szekvencia keveréke, míg az oligo dT primer 12-18 dezoxitimidinből álló egyszálú szakaszból áll.
A reverz transzkripció egy olyan mechanizmus, amelyben a cDNS szintetizálható mRNS vagy bármely RNS-faj segítségével. A cDNS előállításához reverz transzkriptáz enzimet és egyéb szükséges komponenseket, különösen templátokat és primereket kell biztosítani. A primerek olyan rövid DNS-szekvenciák, amelyeket kifejezetten a célszekvenciák amplifikálására terveztek. A véletlenszerű primerek és az oligo dT primerek a reverz transzkripcióban használt primerek két gyakori típusa. Ezért a random primer vagy oligo dT primer rövid DNS oligonukleotid szekvenciák, amelyekre a reverz transzkriptázhoz szükség van a reverz transzkripció elindításához. Az RNS-templáttól függően a megfelelő primer e két primertípus közül választható ki.
Mik azok a véletlenszerű alapozók?
A véletlenszerű primer az összes lehetséges hexamer szekvenciát reprezentáló oligonukleotidok keveréke. A random primer primer szekvenciája 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T vagy C. Ezért a random primerek használhatók egyszálú DNS vagy RNS DNS polimeráz vagy reverz transzkriptáz általi amplifikálására. illetőleg. Emellett a random primer keverék képes az RNS összes régióját amplifikálni, hogy cDNS-t hozzon létre. Így különböző hosszúságú cDNS-t állít elő.
01. ábra: Véletlenszerű alapozók
A legfontosabb, hogy a véletlenszerű primer keverék nem mutat templát-specifitást. Nem képes megkülönböztetni az mRNS-t és más RNS-fajokat. És a mintában lévő RNS bármely fajtájával összeforr. A random primer keverék azonban alkalmas poli(A)-farok nélküli RNS-ek, például rRNS-ek, tRNS-ek, nem kódoló RNS-ek, kis RNS-ek, prokarióta mRNS-ek stb., degradált RNS-ek és ismert másodlagos szerkezetű RNS-ek reverz transzkripciójára.
Mi az Oligo dT?
Az Oligo dT primer egy 12-18 dezoxitimin (dT) szakasz. A primer szekvencia 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 formában ábrázolható. Poli(A) farkot tartalmazó mRNS-ből cDNS előállítására használják. Alapvetően primerként működik a reverz transzkriptáz által katalizált reakcióhoz. A reverz transzkripció során az oligo dT primer összekapcsolódik a legtöbb eukarióta mRNS 3' végén található poliadenilált farokkal, és elindítja a folyamatot.
02. ábra: Fordított átírás Oligo dT Primer használatával
A random primerrel ellentétben az oligo dT primer nem alkalmas degradált RNS-hez vagy olyan RNS-hez, amelyből hiányzik a poli(A) farok, beleértve a prokarióta RNS-t és a mikroRNS-t.
Mi a hasonlóság a Random Primer és az Oligo dT között?
- A véletlenszerű primer és az oligo dT primer kétféle primer, amelyet reverz transzkripcióban és cDNS előállításában használnak.
- A random primer és az oligo dT primer együttes használata növeli a cDNS szintézis érzékenységét.
- Ezek egyszálú rövid nukleotidszekvenciák.
Mi a különbség a Random Primer és az Oligo dT között?
A véletlenszerű primer egy rövid oligonukleotid szekvencia, amely véletlenszerű szekvenciából áll. Eközben az oligo dT primer egy rövid szál, amely 12-18 dezoxitimidinből áll. Tehát ez a legfontosabb különbség a random primerek és az oligo dT között. A véletlenszerű primer szekvenciája 5' – d (NNNNNN) –3' N=G, A, T vagy C. Míg az oligo dT primer szekvenciája 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3'. Ezért ezt egy másik különbségnek tekinthetjük a random primerek és az oligo dT között.
Sőt, a véletlenszerű primerek nem mutatnak templát-specifitást, és bármely RNS-fajjal összekapcsolódnak, míg az oligo dT primerek az eukarióta mRNS poli(A) farkaira mutatnak specifitást.
Az alábbi infografika összefoglalja a véletlenszerű primerek és az oligo dT közötti különbséget.
Összefoglaló – Random Primer vs Oligo dT
A véletlenszerű primer és az oligo dT primer a cDNS-szintézisben használt kétféle primer. A véletlenszerű primer oligonukleotidok keverékéből áll, amelyek az összes lehetséges hexamer szekvenciát reprezentálják, míg az oligo dT primer egy 12-18 dezoxitimidinből álló egyszálú szekvencia. Tehát ez a legfontosabb különbség a random primerek és az oligo dT között. Emellett az oligo dT primerek hasznosak a poli(A)-farokkal rendelkező RNS teljes hosszúságú reverz transzkripciójához, míg a random primerek a legtöbb RNS-faj reverz transzkripciójához hasznosak, beleértve a degradált RNS-t, a poli(A)-farkat nem tartalmazó RNS-t és az RNS-t tartalmazó RNS-t. másodlagos szerkezetek. Ezért a random primer nem mutat templát-specifitást, míg az oligo dT primer specifitást mutat poli(A)-farkat tartalmazó eukarióta mRNS-sel szemben.
