Kiemelt különbség – AFLP vs RFLP
A DNS-vizsgálatoknak óriási jelentősége van a filogenetikai kapcsolatok megértésében és meghatározásában, a genetikai betegségek diagnosztizálásában és a szervezet genomjának feltérképezésében. A DNS-elemzéssel kapcsolatos számos technikát is alkalmaznak egy adott gén vagy egy ismeretlen DNS-készletben lévő DNS-szekvencia azonosítására. Molekuláris markerekként ismertek. Az Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) és a Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) két ilyen molekuláris marker (módszer), amelyet a molekuláris biológiában fejlesztettek ki az organizmusok közötti genetikai eltérések kimutatására. Mindkét módszer egyformán fontos, és vannak előnyei és hátrányai is. A legfontosabb különbség az AFLP és az RFLP között az, hogy az AFLP magában foglalja az emésztett DNS szelektív PCR-amplifikációját, míg az RFLP nem foglalja magában a DNS-fragmensek szelektív PCR-amplifikációját.
Mi az AFLP?
Az AFLP (amplified Fragment Length Polymorphism) a molekuláris biológia fontos eszköze, és széles körben használják a genetikai variációk elemzésében. Az AFLP a fragmentált genomiális DNS specifikus PCR-amplifikációján és a polimorfizmus autoradiográfiás gélelektroforézissel történő kimutatásán alapul. Az AFLP széles körben hozzájárul a genetikai különbségek azonosításához különböző birodalmakban, beleértve a növényeket, állatokat, baktériumokat és gombákat, törzsekben vagy közeli rokon fajokban. Az AFLP kis mennyiségű ismeretlen DNS-mintával is elvégezhető. Nem igényel előzetes szekvencia-ismeretet és szondák tervezését.
Az AFLP lépései
- DNS izolálása
- A DNS emésztése restrikciós endonukleázokkal
- A korlátozott DNS-fragmensek ligálása adapterekkel
- A fragmensek szelektív amplifikációja specifikus restrikciós helyekkel
- A PCR-termékek szétválasztása gélelektroforézissel
- A gélmátrix vizualizálása autoradiográfiával
Az AFLP egy érzékenyebb és reprodukálhatóbb módszer, amely számos taxon, köztük gombák, baktériumok, növények és állatok DNS-profiljaihoz használható a DNS-szekvenciák előzetes ismerete nélkül. Rendkívül érzékeny természetéből adódóan segít a populációk egyedei közötti csekély különbségek azonosításában. Az AFLP a genomtérképezésben, a törvényszéki vizsgálatokban, a szülői vizsgálatokban, a genotipizálásban stb. is fontos.
01. ábra: AFLP
Mi az RFLP?
A Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) egy olyan technika, amelyet a homológ DNS-szekvenciák genetikai eltéréseinek kimutatására használnak. Ez az első DNS-profilalkotási módszer. A szervezetek egyedi DNS-ujjlenyomattal vagy DNS-profillal rendelkeznek. Az RFLP fontos eszközként szolgál az intraspecifikus vagy közeli rokon szervezetek DNS-profiljai közötti eltérések elemzéséhez, mivel a homológ szekvenciák különböző restrikciós helyekkel (helyekkel) rendelkeznek, amelyek egyediek egy adott organizmusra. Ha a homológ DNS-t specifikus restrikciós endonukleázokkal emésztjük, az különböző DNS-profilokat eredményez, amelyek minden egyedre egyediek. Ezért ennek a módszernek az elve az élőlények közötti genetikai variációk kimutatása a homológ DNS specifikus restrikciós enzimekkel történő restrikciójával, valamint a fragmenshosszúság polimorfizmusának gélelektroforézissel és blottal történő elemzése. A blottolási minták minden szervezetnél egyediek, és az adott genotípust jellemzik.
RFLP lépései
- Elegendő mennyiségű DNS izolálása a mintákból
- DNS-minták fragmentálása specifikus restrikciós endonukleázokkal rövid szekvenciává
- A kapott, különböző hosszúságú fragmentumok szétválasztása agaróz gélelektroforézissel.
- A gélprofil átvitele membránba Southern blotting segítségével
- A membrán hibridizálása jelölt próbákkal és a fragmentumhossz polimorfizmus elemzése az egyes profilokban
Az RFLP egy nagyon fontos technika a betegség öröklődésének kimutatásában és a családtagok körében előforduló betegség kockázatának meghatározásában. Az RFLP-t gyakran használják genom-térképezésben, bűnözők azonosításában a törvényszéki vizsgálatokban, apasági vizsgálatban stb. Az RFLP-nek számos korlátja is van. Az RFLP-hez a szekvenciaadatok előzetes ismerete szükséges a hibridizációs próbák tervezéséhez. Ezenkívül elegendő mennyiségű DNS-t kell izolálni a mintából az elemzéshez, ami a törvényszéki vizsgálatok során nehéz.
01. ábra: RRFLP leképezés
Mi a különbség az AFLP és az RFLP között?
ALFP vs RFLP |
|
| Az AFLP az emésztett DNS szelektív PCR-amplifikációját foglalja magában. | RFLP nem tartalmaz PCR-t, hacsak nem PCR-RFLP. |
| Sequence Knowledge | |
| Előzetes sorozatismeret nem szükséges. | Az RFLP szondák megtervezéséhez előzetes szekvenciaismeret szükséges. |
| Megbízhatóság | |
| Ez megbízhatóbb. | Ez kevésbé megbízható az AFLP-hez képest. |
| A polimorfizmus kimutatásának hatékonysága | |
| Ennek hatékonyabb a polimorfizmus kimutatása, mint az RFLP-nek. | Ez kevésbé hatékony az AFLP-hez képest. |
| Költség | |
| Ez egy kicsit drága az RFLP-hez képest. | Ez olcsóbb az AFLP-hez képest. |
| Alkalmazások | |
| Az AFLP-ket alkalmazták a genomtérképezésben, a DNS-ujjlenyomat-vételben, a genetikai diverzitás-vizsgálatokban, az apasági vizsgálatokban és a törvényszéki szakértőkben | Az RFLP-elemzés fontos eszköz a genomtérképezésben, a genetikai rendellenességek gének lokalizálásában, a betegségek kockázatának meghatározásában és az apasági vizsgálatban. |
Összefoglaló – AFLP vs RFLP
Az AFLP és az RFLP két olyan technika, amelyet genetikai markerként használnak a diverzitás és a genetikai kapcsolatok értékelésére a molekuláris biológiában. Az AFLP hatékony és érzékeny módszer az élőlények közötti genetikai polimorfizmus kimutatására, mint az RFLP. Mindazonáltal, bár mindkét módszer eltérő hatékonysággal rendelkezik a genetikai variációk kimutatásában, továbbra is használják őket DNS-ujjlenyomat-vételre és betegségek diagnosztizálására.
